부동산 임대업을 영위하고 있는 Y사는 최근 지방세 세무조사 대상에 선정되어 세무조사를 수감하게 되었습니다. 세무조사 대응 경험이 없는 Y사는 마일스톤에 대응을 요청하였고, 이에 따라 마일스톤은 Y사를 대리하여 지방세 세무조사 전반에 대한 대응 용역을 수행하였습니다.

지방세 세무조사에서는 먼저 회사의 사실관계 파악과 사전에 자료를 준비하는 과정이 필요합니다. 이를 위해 회사와의 협의를 통해 사업 구조, 자산 취득 경위, 운영 형태 등 구체적인 정황을 면밀히 확인하고, 과세 가능성이 있는 쟁점을 사전에 도출하는 절차가 필수적입니다. 또한 관련 법령·판례 검토를 통해 과세대상에 해당하지 않는 경우에는 이를 입증할 수 있는 충분한 근거자료를 구비하여 대응해야 합니다.

마일스톤은 Y사에 대한 세무조사 대응 과정에서 다음과 같은 주요 사항을 검토하였습니다.

첫째, Y사가 대도시 내에서 취득한 부동산을 호텔 용도로 사용하고 있는 점을 바탕으로, 이를 지방세법상 대도시 내 신규 지점 설치로 볼 수 있는지 여부를 검토하였습니다. Y사는 호텔 운영 경험이 없었기 때문에 전문 운영위탁사에 호텔 운영 전반을 위임하였고, 인력 채용 및 관리 또한 위탁사가 직접 수행하고 있었습니다. 이러한 구조를 종합적으로 검토한 결과, Y사가 지점을 설치한 것으로 보기 어렵다는 논리를 마련하여 과세 위험을 최소화하였습니다.

둘째, 취득한 부동산에 대한 리모델링 공사비가 취득세 과세표준에 포함되어야 하는지 여부를 검토하였습니다. Y사는 취득 후 진행한 리모델링 공사 중 지방세법상 취득에 해당하는 공사분에 대해서는 이미 취득세를 신고·납부하고 있었으며, 단순 유지·보수 수준의 공사비는 과세대상이 아님을 입증할 수 있었습니다. 이에 따라 추가 취득세 과세가 이루어지지 않도록 논리적 근거를 제시하여 대응하였습니다.

셋째, 세무조사 당시 Y사에는 내부 직원이 고용되어 있지 않은 상황이었으나, 마일스톤이 사전에 모든 사실관계를 면밀하게 파악하고 필요한 자료를 선제적으로 정리해 둔 덕분에 조사 대응에 차질이 없도록 준비를 완료하였습니다. 또한 조사 과정에서 요구되는 질의응답 및 추가 자료 제출도 마일스톤이 전담하여, 조사 대응의 효율성과 정확성을 높일 수 있었습니다.

결과적으로 Y사는 마일스톤의 전문적인 세무조사 대응을 통해 불필요한 과세를 방지하고 지방세 부담을 최소화할 수 있었습니다. 마일스톤이 조사 전 과정에서 대응을 전담함으로써, Y사는 세무 리스크를 효과적으로 관리할 수 있었습니다.