J사는 자회사인 W사 및 K사를 관리하는 과정에서 지분 구조를 정리하고자 합병과 주주 간 지분 인수 등 다양한 거래 구조를 고려 중이었습니다. 이에 마일스톤은 합병 진행 시 법인세법상 적격합병 요건 충족 여부에 대한 세무 검토와 함께, 지분 이전을 위한 비상장주식 가치평가 용역을 포함한 관련 자문을 수행하였습니다. 

모회사가 100% 지분을 보유한 완전자회사를 합병하는 경우에는 법인세법상 적격합병으로 분류되며, 일반적인 적격합병과 달리 법에서 정한 요건을 충족하지 않아도 세제혜택이 적용될 수 있습니다. 

마일스톤은 합병 세무 자문 과정에서 아래와 같이 검토를 진행하였습니다:

첫째, 완전모자회사간 무증자합병은 법인세법상 부당행위 적용대상에 해당하지 않습니다. 특수관계법인 간 합병을 하면서 합병비율을 불공정하게 정하여 합병에 따른 양도손익을 감소시킨 경우, 세법에서는 이를 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보아 소득금액이 조정될 수 있습니다. 다만 완전모자회사간 무증자 합병의 경우 합병대가로 주식 등을 교부하지 않더라도 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않습니다.

둘째, 합병으로 승계받은 이월결손금은 피합병법인의 사업소득 범위 내에서만 공제 가능하므로 사업의 구분경리가 필요합니다. 다만 중소기업간 합병에 해당할 경우에는 구분경리를 하지 않고 사업용 자산가액 비율로 안분계산 할 수 있습니다. J사 및 자회사의 경우 모두 중소기업에 해당하므로, 별도의 구분경리 없이 사업용 자산가액 비율에 따라 안분하는 방식이 가능할 것으로 확인되었습니다.

셋째, 합병 시 취득하는 자산의 취득세 과세 여부를 검토하였습니다. 지방세특례제한법에 따르면 중소기업간 적격합병의 경우 사업용자산 등의 취득에 대해 취득세의 60%가 감면됩니다. 본 건의 경우 피합병법인이 보유한 유형자산 중 취득세 과세대상 자산이 포함되어 있어, 해당 감면이 적용될 수 있는 것으로 검토하였습니다.

마일스톤의 검토 용역을 통해 J사와 자회사 간 합병은 법인세법상 적격합병 요건을 충족하는 것으로 판단되었으며, 이에 따른 세제혜택 효과를 확보할 수 있었습니다. 또한 사전에 세무 검토를 수행함으로써 추후 세무조사 시 발생할 수 있는 리스크를 최소화할 수 있었습니다.