중소기업에게 적용되는 세제혜택 중 가장 혜택이 큰 제도는 바로 조세특례제한법 제6조에 따른 창업중소기업 세액감면이다. 업종별, 소재지별, 청년기업 여부에 따라 다르나, 창업 후 최초로 소득이 발생한 해부터 5년간 최대 100%의 법인세 감면이 가능하다. 다만, 납부할 법인세가 발생하여야 세제혜택을 받을 수 있으므로, 사업 초창기에 이익이 많이 나지 않는 회사의 경우 실질적으로는 혜택의 정도가 미미하게 느껴질 수 있다. 

하지만 소득과 관계없이 부동산을 취득하거나 보유할 때 납부하여야 하는 취득세, 재산세에 대해서도 창업중소기업이 받을 수 있는 세제혜택이 있다. 바로 지방세특례제한법 제58조의 3에 따른 창업중소기업 등에 대한 감면이다. 상세내용 및 요건은 다음과 같다. 

1. 적용대상

2. 감면/공제 금액

1) 취득세 

창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 75%를 경감한다.

2) 재산세 

창업일 당시 업종의 사업에 과세기준일 현재 직접 사용하는 부동산에 대해서는 창업일부터 3년간 재산세를 면제하고, 그 다음 2년간은 재산세의 50% 경감한다.

3) 등록면허세 

창업일 당시 업종의 사업에 과세기준일 현재 직접 사용하는 부동산에 대해서는 창업일부터 3년간 재산세를 면제하고, 그 다음 2년간은 재산세의 50% 경감한다.

3. 사후경과 조치

다음의 경우에 해당하는 경우 경감된 취득세를 추징한다.

1) 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내 부동산 사용 중단하는 경우

2) 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각 및 증여하는 경우

3) 최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하거나 매각 및 증여하는 경우

4. 중복해제

창업중소기업으로 지방세를 감면받은 경우에는 창업벤처중소기업에 대한 감면은 적용하지 아니한다.

5. 농어촌특별세 적용 여부

창업중소기업으로 취득세 및 재산세를 감면받은 경우에는 농어촌특별세가 비과세되나, 창업벤처중소기업으로 취득세 및 재산세를 감면받는 경우에는 농어촌특별세가 과세된다. 등록면허세의 경우 농어촌특별세는 비과세된다. 

특히 제조업을 영위하기 위해 공장을 건설했던 기업이라면, 과거 납부한 취득세가 감면이 적용된 금액인 지를 확인해보고, 감면을 적용받지 못했다면 경정청구를 통해 더 낸 세금을 돌려받을 수 있으니 꼼꼼히 잘 살펴보도록 하자.