지방세특례제한법 제58조의 3에 따르면, 「중소기업창업지원법」 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 2026년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업이 설립일부터 4년 이내에 설립일 당시 감면대상 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서 다음의 혜택이 존재한다. 

1. 취득세의 75% 경감
2. 창업일로부터 3년간 재산세 면제, 그 후 2년간은 50% 경감

다만, 지방세특례제한법에 따라 해당 중소기업의 설립이 실질적인 창업에 해당하지 않는다고 판단되는 경우 감면 적용이 불가능하며, 그 예시는 다음과 같다. 

1. 합병・분할・현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우
2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우
3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우
4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우
5. 개인사업자가 동종 사업을 영위하는 법인인 중소기업을 새로 설립하여 과점주주(「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주)가 되는 경우
6. 해당 법인 또는 해당 법인의 과점주주가 신설되는 법인인 중소기업의 과점주주가 되는 경우(해당 법인과 신설되는 법인인 중소기업이 동종의 사업을 영위하는 경우로 한정한다)
7. 법인인 중소기업이 회사의 형태를 변경한 이후에도 변경 전의 사업과 동종의 사업을 영위하는 경우

또한, 중소기업창업지원법 시행령 제2조에 따른 창업에 해당하지 않는 사례는 다음과 같다.

1. 타인으로부터 사업을 상속 또는 증여받은 개인이 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개인인 중소기업자로서 개시하는 것
2. 개인인 중소기업자가 기존 사업을 계속 영위하면서 중소기업을 새로 설립하는 것으로서 다음 각 목에 해당하는 것
   가. 개인인 중소기업자로 사업을 개시하는 것
   나. 개인인 중소기업자가 단독으로 또는 「중소기업기본법 시행령」에 따른 친족과 합하여 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하여 소유하거나 의결권 있는 발행주식 총수를 기준으로 가장 많은 주식의 지분을 소유하는 법인인 중소기업을 설립하여 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 것
3. 개인인 중소기업자가 기존 사업을 폐업한 후 중소기업을 새로 설립하여 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 것. 가만, 사업을 폐업한 날부터 3년(부도 또는 파산으로 폐업한 경우에는 2년을 말한다.) 이상 지난 후에 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 경우는 제외한다.
4. 법인인 기업이 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하여 소유하는 다른 법인인 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것. 이 경우 소유비율은 법인인 기업과 그 소속 임원이 소유하고 있는 주식을 합산하여 계산한다.
5. 법인의 과점주주(「국세기본법」 제39조 제2호에 따른 과점주주)가 새로 설립되는 법인인 중소기업자의 과점주주가 되어 사업을 개시하는 것
6. 「상법」에 따른 법인인 중소기업자가 회사의 형태를 변경하여 변경 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 것

그렇다면, 모회사의 100% 출자로 창업한 자회사의 경우에도 실질적 창업에 해당하는 것으로 보아 지방세특례제한법에 따른 세액감면의 적용이 가능할까?

아쉽지만, 현행법상으로는 모회사와 자회사가 동종 사업을 영위한다면 지방세특례제한법 및 해당 규정이 준용하는 중소기업창업지원법상 모두 창업으로 인정되지 아니하며, 자회사가 모회사와 별개의 사업을 영위하더라도 중소기업창업지원법상 실질적인 창업으로 인정하지 않고 있으므로, 지방세특례제한법에 따른 창업세액감면의 적용은 불가능하다. 

다만, 중소기업창업지원법 시행령의 관련 규정은 2020년 10월 8일 자로 개정되었으므로, 해당 일자 이전에 모회사의 100% 출자로 설립된 자회사가 감면대상 업종의 사업을 영위하기 위해 설립일부터 4년 이내에 취득한 부동산이 있다면, 경정청구 및 이의신청을 통해 취득세 75% 감면 및 재산세 감면을 적용받을 수 있다. 물론 이 경우에도 무조건적으로 창업으로 인정되는 것은 아니며, 신설된 중소기업의 지분구성, 임직원 겸직여부, 생산 제품 등 업종의 동일성, 의사결정 과정이나 거래관계 등을 종합적으로 고려하여 원시적인 사업창출의 효과가 있는 경우에 해당하여야 한다. 

제조업을 위한 공장 준공의 경우 특히 취득세 부담액이 상당할 것으로 판단되는 바, 모회사가 자금을 출자하였을 뿐 실제로는 별도의 사업을 영위하기 위해 설립된 자회사에 해당하는 경우라면 감면이 적용될 가능성이 높으니 세무대리인과 논의하여 돌려받을 수 있는 세금을 놓치지 않길 바란다.