스타트업을 위한 세제혜택은 다양하다, 그 중에서도 단연 효과가 큰 세제혜택을 꼽자면 바로 창업중소기업 세액감면 일 것이다. 세무상 정하는 요건을 갖춰서 창업한 스타트업은 5년간 50%~100%에 달하는 세액을 5년간 감면 받을 수 있는 혜택이기 때문이다.

창업중소기업 세액감면을 적용 받기 위한 요건은 크게 1) 창업 오건, 2) 중소기업 요건, 3) 업종요건 및 4) 사업장 소재지로 구분 할 수 있다. 일반적인 창업자의 경우 창업 시점부터 대규모의 투자를 받거나 매출액이 폭발적으로 증가할 가능성은 높지 않으므로 중소기업 요건은 충족할 것이기 때문에, 법에서 정하고 있는 제조업, 통산판매업, 정보통신업 등 일정한 업종을 최초로 시작하는 경우에 해당하는지 여부가 세제혜택 적용 여부의 핵심이다. 이러한 요건을 다 만족하는 사업자가 사업을 수도권 과밀억제권역(이하, 수도권) 외 지역에 창업하는 경우 해당 사업자는 5년간 소득세 혹은 법인세를 50% 감면 받을 수 있다. 

50% 세액감면 혜택 만으로도 파격적이나, 만약 법인의 최대주주인 대표자가 창업 당시 15세 이상 34세 이하이며, 수도권 밖에 창업한 경우 (이하, 청년 창업중소기업 세액감면)는 100%의 세액감면 혜택을, 수도권에서 창업한 경우는 50%의 세액감면을 적용 받을 수 있기 때문에 창업자라면 놓칠 수 없는 세제혜택이다. 

다만, 세제혜택을 적용하다 보면 다양한 경우의 수가 존재하며, 경우에 따라서는 관련 법령뿐만 아니라 유권해석 등을 참고하여 판단해야 하는 경우도 있다. 이 칼럼에서는  창업중소기업 세액감면 적용 가능 여부에 대해서 빈번하게 문의가 발생하는 사례들을 살펴보고자 한다. 

개인사업자로 적용 받던 창업중소기업 세액감면을 법인전환 후에도 적용 받을 수 있을까?

창업중소기업 세액감면을 적용 받기 위해서 갖추어야 할 기본 요건은 바로 “창업”이다. 즉, 해당 사업을 최초로 시작하는 사업자에게 주는 세제혜택이므로 관련 법에서는 “창업”으로 보지 않는 경우로 “거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우”를 열거하고 있다. 

많은 사업자가 창업시에는 개인사업자의 형태로 시작하였다가 이후 매출이 증가하고 사업이 확장됨에 따라 법인으로 전환하는 수순을 밟는데, 만약 감면을 적용 받을 수 있는 5년 이내 법인으로 전환하게 된다면 남은 기간에 대한 세액감면 혜택을 상실하게 되는 것이다. 

그렇다면, 개인사업자로서 창업중소기업 세액감면을 적용 받고 있다면, 세제혜택을 유지하기 위해서는 법인전환을 늦추는 것 밖에 방법이 없는 것일까?

정답은 아니다. 개인사업자가 법인으로 전환하는 경우에도 창업중소기업 세액감면 혜택을 유지 할 수 있는 방법이 있다. 개인사업자가 적용 받던 창업중소기업 세액감면 혜택을 법인 전환 후에도 유지를 위해서는 우선 “법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세” 규정을 살펴볼 필요가 있다. 

“법인전환”이란 개인사업자가 본인의 사업과 관련한 자산,부채를 비롯하여 모든 권리와 의무를 포괄적으로 법인사업자에게 양도하는 행위로, 이전하는 자산 중 토지, 건물 등 양도소득세 과세 대상 자산이 포함되어 있는 경우 개인사업자는 해당 자산에 대한 양도소독세를 부담해야 한다. 다만, 세법에서는 1) 개인사업자가 법인의 발기인 되어, 2) 양도 대상 사업의 순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립 하고, 3) 그 법인 설립일로부터 3개월 이내 사업양수도가 이루어지는 경우 법인전환 시점에 양도소득세를 과세하지 않고, 향후 해당 자산을 양수 받은 법인 양도할 때 이월한 양도소득세 상당액을 법인세로 납부하는 혜택을 부여하고 있다. 

이러한 법인전환 양도소득세 이월과세 규정에 따르면, 이월과세를 적용 받을 수 있는 요건을 갖춰서 설립된 법인의 경우 개인사업자가 적용 받던 창업중소기업 세액감면을 승계하여 법인에도 적용 할 수 있도록 되어 있다,

다만, 감면 기간은 법인설립 시점부터 5년이 아니라, 총 감면 혜택 기간인 5년에서 기존의 개인사업자가 혜택을 적용 받았던 기간을 제외한 잔존 감면기간 동안 세액감면 혜택을 적용 받을 수 있다. 

원칙적으로 이러한 양도소득세 이월과세는 세제혜택이므로 신청자에 한해서 적용 가능한 것이다. 그렇다면, 법인전환시 양도소득세 부과 대상 자산이 없어서 이월과세 신청을 하지 않은 경우는 개인사업자의 세액감면을 승계 받을 수 없는 것일까?

과세관청은 관련 예규에서 법인전환 시 양도소득세 부과 대상 자산이 없어서 이월과세 신청을 하지 않은 경우라도, 법에서 정하는 양도소득세 이월과세 적용 요건을 모두 갖춘 법인전환에 해당한다면 개인사업자의 창업중소기업 세액감면을 승계 할 수 있다고 해석하고 있다. 

청년 창업중소기업 세액감면을 적용 받던 법인의 대표자가 변경되면 혜택이 유지될까?

앞서 살펴본 것과 같이 최대주주이자 대표자가 “청년”의 나이에 창업한 법인의 경우 일반 창업중소기업 세액감면과는 달리 수도권 내의 기업은 5년간 50%, 이외 지역은 100%의 법인세 감면 혜택을 적용 받는다. 

굉장히 큰 세제혜택인 만큼 세액감면이 5년간 유지되지 위해서는 신경 써야 하는 사항 중 하나는 바로 “청년 대표자”의 유지이다. 즉, 창업 당시 청년에 해당하는 자가 최대주주이자 대표자에 해당하는 경우 적용되는 혜택이므로 세액감면을 적용 받는 기간 동안 해당 요건이 유지되어야 하는 것이다. 

관련 국세청 예규에 따르면, 청년에 해당 하는 A와 B가 각각 50%의 지분을 보유하는 형태로 창업하면서 A를 단독대표로 사업자등록 하였으나, 이후 A의 퇴사로 B가 대표자가 되는 경우, 더 이상 청년 창업중소기업 세액감면 규정을 적용 할 수 없다는 것이 과세관청의 판단이다. 

다만, 창업 당시 청년 대표자가 대표직을 유지하는 동시에 최대주주의 지위도 유지한다면, 해당 대표자의 지분 중 일부를 양도하여도 세액감면 혜택을 유지 하는 데는 문제가 없다. 즉, 최초 창업 당시의 청년 대표자는 변경이 불가하지만, 최대주주의 지위를 유지하는 범위 내에서 해당 대표자의 지분율이 일부 변동되는 것은 허용되는 것이다. 

창업중소기업 세액감면을 적용 받던 중 사업장을 이전하면 어떻게 될까?

창업중소기업 세액감면 혜택은 사업장 주소지가 수도권 내인지 밖인지에 따라서 감면율이 상이하다. 따라서 창업 당시의 사업장 소재지가 이후 변동 된다면, 감면율도 변동 될 수 있다. 

해당 법령에서는 수도권 밖에서 창업을 한 사업자가 사업장 주소지를 수도권 내로 이전하는 경우 해당 이전일이 속하는 사업연도부터 수도권 내에 창업한 사업자에 적용하는 감면율을 적용하도록 하고 있다. 즉, 창업중소기업 세액감면 혜택을 적용 받는 사업자라면, 수도권 내로 이전한 해부터 세액감면 혜택이 중단되며, 청년 창업중소기업 세액감면 적용 대상자라면 세액감면율이 100%에서 50% 로 낮아지게 되는 것이다.

그렇다면, 수도권 내에서 창업을 하였다가 수도권 밖으로 사업장을 이전하게 되는 경우 반대로 세액감면율이 높아질 수 있을까? 최근 관련 심판청구에서 재판부는 수도권 내에서 창업한 청년 창업중소기업 세액감면 대상 법인이 수도권 외로 이전 하였다고 해서 감면율이 50%에서 100%로 달라는 지는 것은 아니라고 판단하였다. 즉, 사업장 이전에 따라 감면율이 낮아 질 수는 있어도 감면율이 올라가는 상황은 발생할 수 없는 것이다.