사업자 I는 조세특례제한법에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제 요건을 만족하였으나, 소득세 신고시 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 신청하지 아니하였습니다. 마일스톤은 해당 사업자의 기장대리 업무를 신규로 수임하면서 과거의 세금 신고 내역을 검토하여 기존에 세액공제를 적용하지 아니하여 과다하게 납부한 세금을 환급받을 수 있는 경정청구 업무를 제안하였습니다.

조세특례제한법 제10조에 따르면, 동법 시행규칙 제7조 제1항에 따른 기업부설연구소에 근무하는 직원의 인건비는 소득세에서 공제 가능한 연구ㆍ인력개발비에 해당합니다. 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받기 위해서는 소득세 신고시 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 등을 납세지 관할 세무서장에게 제출하고, 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트 등 증거서류를 작성ㆍ보관해야 합니다.

다만, 기업부설연구소에 근무하는 인원이더라도 주주인 임원으로서 해당 법인의 총발행주식수의10%를 초과하여 소유하는 주주나 해당 주주의 특수관계인에 대한 인건비 및 연구개발을 전담하지 아니하는 인원에 대한 인건비는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 금액이 아니므로 유의가 필요합니다. 한편, 상기에 해당하지 아니하는 전담인원에 대한 인건비는 급여 및 상여 이외에도 사용자가 해당 인원에 대해 부담하는 사회보험료 상당액도 공제대상 금액에 포함됩니다.

마일스톤은 사업자 I의 기업부설연구소 소속 전담인원 인건비를 검토하여 2020년, 2021년에 대해 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 신청하는 경정청구 업무를 수행하였고, 과세관청이 이를 승인하여 사업자 I가 2020년 및 2021년에 과다하게 납부한 세금에 대해 성공적으로 환급받았습니다. 사업자 I는 예상하지 못했던 세금 환급을 통해 여유자금을 확보하여 사업의 운영에 더 힘쓸 수 있는 동력을 얻을 것으로 기대됩니다.