2024년 말 국세기본법 개정으로 인해, 그동안 경정청구가 불가능했던 이월세액공제에 대해서도 경정청구가 가능하게 되었다. 특히 2016~2019 사업연도에 공제를 적용하지 못한 기업이라면, 2025년 12월 31일까지 한시적으로 경정청구가 허용되므로, 이번 기회를 적극적으로 검토할 필요가 있다.

1. 이월세액공제 경정청구란

‘이월세액공제 경정청구’는 본래 경정청구의 대상이 되지 않았다. 세법상 과세표준 또는 세액이 변동되어야 경정청구 요건을 충족하는데, 이월된 세액공제는 실제 과세표준을 변화시키지 않기 때문이다.

대법원 또한 판례(2019두62352, 2020.04.09)를 통해 이월세액공제의 증액을 구하는 것은 세액에 직접 영향을 미치지 않기 때문에 경정청구가 불가능하다는 입장을 고수한 바 있다. 

그러나 이러한 해석은 납세자에게 불합리한 결과를 초래한다는 지적이 꾸준히 제기되었고, 이에따라, 이번 개정으로 인해 이월세액공제도 경정청구가 가능하도록 제도가 개선되었다.

2. 왜 20225년 안에 경정청구를 해야 하는가?

경정청구는 원칙적으로 신고일로부터 5년 이내에만 가능하다. 반면, 이월세액공제는 최대 10년까지 이월이 가능하므로, 실질적으로 공제가 가능한데도 경정청구는 할 수 없는 모순된 상황이 발생하게 되었다.

다만 이번에 개정된 국세기본법 경과 규정에 따르면, 경정청구기한이 이미 경과하였더라도 2025년 1월 1일 이후 개시하는 과세기간에 대해 이월세액공제가 가능한 경우에 한해 2025년 12월 31일까지 한시적으로 경정청구가 가능하다.

즉, 2016년 이후 사업연도 중 이월 가능한 세액공제가 있는 기업이라면, 지금이 과거에 놓친 세액공제를 적용할 수 있는 마지막 기회일 수 있다.

3. 실무 대응 전략

과거 누락된 이월세액공제 경정청구 진행 가능 여부 확인을 위해, 다음 항목을 검토해 볼 필요가 있다.

– 2016년 이후 사업연도 결손 여부 확인

– 최저한세 적용된 연도 확인

– 이월 가능한 세액공제 항목 존재 여부

– 기존 경정청구 진행 여부 확인

상기 항목들을 종합적으로 검토한 뒤, 경정청구 대상에 해당된다고 판단될 경우에는 세무대리인과의 상담을 통해 관련 자료를 정리하고, 경정청구 절차를 신속히 진행하는 것이 바람직하다.

4. 결론

이번 국세기본법 개정은 그동안 제도적으로 경정청구 대상에서 제외되었던 이월세액공제에 대해, 납세자의 권리를 회복할 수 있는 실질적인 기회를 제공한다는 점에서 매우 중요한 의미를 가진다. 특히 2020년 이전 사업연도분에 대해서는 2025년 안에 경정철구 절차를 마무리하는 것이 무엇보다 중요하므로, 해당되는 기업이라면 빠른 시일 내에 세무대리인과 경정청구 가능성을 검토해보는 것을 권고한다.