제조업을 영위하는 S사는 회사 설립 이후 처음으로 지방세 세무조사를 수감하게 되었으며, 이번 조사는 신축 공장과 관련된 취득세가 주요 쟁점이 될 것으로 예상되었습니다. 첫 세무조사인 만큼 내부적으로 경험과 준비가 충분치 않은 상황에서 조사 대응 과정에서의 전문성이 무엇보다 중요하였고, 이에 따라 마일스톤은 세무대리인으로서 S사를 대리하여
세무조사 대응업무를 전담 수행하였습니다.
지방세 세무조사 대응업무는 과세관청의 조사 방향을 사전에 파악하고, 조사 과정에서 요청되는 자료를 적시에 준비하며, 사실관계를 정확히 정리하여 과세당국의 오해를 방지하는 것이 핵심입니다. 또한 관련 법령 및 감면 규정에 대한 충분한 검토를 통해 회사가 정당하게 누릴 수 있는 혜택을 적극적으로 주장하고, 불필요한 과세로 이어질 수 있는 부분은 철저히 방어하는 역할을 포함합니다.


이번 지방세 세무조사 대응 업무에서 마일스톤이 세무대리인으로써 수행한 주요 업무 및 대응 내용은 아래와 같습니다.

첫째, 세무조사 당시 S사는 내부 인력이 부족한 상황이었는데, 마일스톤은 조사 초기 단계부터 요청자료 준비, 사실관계 정리, 과세관청과의 커뮤니케이션 등 조사와 관련된 전 과정을 주도적으로 수행하였습니다. 이로 인해 S사는 별도의 인적 자원을 추가 투입하지 않고도 세무조사에 효과적으로 대응할 수 있었습니다.

둘째, S사는 신규 공장 취득세에 대하여 창업중소기업감면을 적용받았고, 과세관청은 이에 대한 요건 충족 여부를 면밀히 검토하였습니다. 이에 마일스톤은 회사의 설립 및 사업 진행 경위, 신축 공장의 현황과 운영 상황을 체계적으로 정리하여 제시하였고, 법령상 감면 요건을 전부 충족하고 있음을 적극적으로 소명함으로써 과세관청의 과세 시도를 효과적으로 방어하였습니다.

셋째, 과세관청의 사실관계 오해에 따른 과세시도에도 적절하게 대응하였습니다. S사가 공장과 함께 신축한 기숙사에 대하여 과세관청은 실제 사용되지 않은 것으로 오인하여 과세를 추진하려 하였으나, 마일스톤은 외국인근로자의 채용 현황과 기숙사 사용 실태를 구체적으로 입증하여 기숙사가 정상적으로 사용되고 있음을 명확히 설명하였습니다. 이를 통해 불합리한 과세가 이루어지지 않도록 방어하였습니다.


이처럼 마일스톤은 S사의 지방세 세무조사에 있어 예상되는 쟁점을 사전에 검토하고, 사실관계를 충실히 확인, 정리하는 한편 감면 규정에 대한 법리적 분석을 바탕으로 대응 전략을 수립하였습니다. 그 결과 S사는 불필요한 세금 부담을 최소화할 수 있었을 뿐만 아니라, 추가적인 내부 자원 투입 없이 세무조사를 마무리함으로써 안정적으로 사업에 집중할 수 있었습니다.