광고대행업을 영위하는 M사는 2020년부터 2024년가지 5개 사업연도를 대상으로 정기 세무조사를 받았으며, 마일스톤은 해당 법인의 세무 대리인으로써 전 과정에 걸친 세무조사 대응 업무를 수행하였습니다.

마일스톤은 고객사가 세무조사에 안정적으로 대비할 수 있도록 전문적인 지원을 제공하고 있으며, M사의 세무조사 과정에서 구체적으로 과세관청 요청자료 대응, 과세 이슈에 대한 대응논리 검토, 최종 적출세액 및 가산세에 대한 적정성 검토 등 세무조사 주요사항에 대한 종합적인 지원 서비스를 제공하였습니다.

이번 세무조사 대응 업무에서 가장 중점적으로 검토한 이슈사항은 다음과 같습니다.

첫째, 조세특례제한법 제29조의 7에 따른 고용증대 세액공제 적용시, 특수관계인으로부터 상시근로자를 승계하는 경우 직전 과세연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 하여야 합니다. 만약 특수관계인으로부터 승계한 인원을 순증가인원으로 계산하는 경우 과다공제에 해당할 수 있으므로 고용 관련 세액공제 적용시 특수관계자간 전출입인원에 대해 주의가 필요합니다. 

둘째, 법인세법 제52조에 따라 특수관계인으로부터 부동산을 시가보다 높은 임차료로 차용하는 경우, 시가와 거래가액의 차액이 과세소득에 가산될 수 있습니다. 이에 따라 특수관계인간 임대차 거래시 일반적으로 거래되는 시가를 확인하여 해당 금액으로 거래하는 것이 세무상 리스크를 낮출 수 있습니다. 

셋째, 법인세법 제27조에 따라 내국법인이 지출한 비용 중 업무관련성이 증명되지 않는 비용의 경우 법인의 손금으로 인정되지 않을 수 있습니다. 이에 따라 관련 내규를 구비하고 업무관련성을 확인할 수 있는 구체적인 증명서류를 구비할 필요가 있습니다.

마일스톤은 이번 M사의 세무조사 세무대리인으로서 고객사가 신고한 법인세 내역을 면밀히 검토하여 발생 가능한 세무리스크를 사전에 파악하였고, 고객사와의 친밀한 의사소통을 통한 사실관계 확인 및 예규판례 검토를 통한 방어논리 구축으로 과세관청의 과세 시도를 성공적으로 방어하였습니다. 이 결과로 M사는 예상하지 못했던 세무조사에 따른 인적 자원 및 재무적 자원의 소모를 크게 줄일 수 있었으며, 확보된 자원은 회사의 본업 경쟁력 강화에 보다 효율적으로 활용될 것으로 기대됩니다.