연구·인력개발비 세액공제는 많은 기업들이 관심을 갖고 있으면서도, 실제 적용 단계에서는 크고 작은 혼란을 겪기 쉬운 제도입니다. 특히 어떤 비용이 공제 대상에 해당하는지, 연구개발 활동의 범위는 어디까지로 보아야 하는지에 대해서는 실무 현장에서 반복적으로 질문이 이어지고 있습니다.

이번 칼럼에서는 연구·인력개발비 세액공제와 관련해 자주 문의되는 사항들을 중심으로, 실무에서 혼동하기 쉬운 쟁점들을 문답 형식으로 정리하였습니다. 컴퓨터 및 소프트웨어 구입비, 비품과 재료비의 구분, 디자인 관련 비용의 판단 기준, 기업부설연구소 설립 시점에 따른 적용 가능 여부 등 실제 사례에서 빈번하게 마주치는 질문들을 통해 제도의 적용 범위를 보다 명확히 살펴보고자 합니다.

Q1. 회사의 컴퓨터 구입비 및 소프트웨어 구입비용은 세액공제대상 비용에 해당하나요?

전담부서에서 직접 사용하기 위한 용도라 하더라도 컴퓨터 및 범용 소프트웨어 구입비용은 세액공제대상에서 제외됩니다.

Q2. 비품은 세액공제대상 재료비에 해당하나요?

실험장비·장치, 일반공구, 소모품, 비품, 범용(상용)S/W, Licence, 업무용 PC를 포함하여 연구개발 활동에 부적합하거나 직접적인 연관성이 미비한 경우 재료비로 인정되지 않습니다.

Q3. 제품 디자인 관련 비용은 세액공제 대상에 해당하나요?

고유디자인의 개발을 위한 비용에 해당하면 그 요건을 충족하는 것이 아니라 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이 라는 전제조건을 충족하여야 한다고 보아야 할 것입니다. 일반적인 제품 디자인 개발과 관련된 활동에 불과할 뿐 이를 넘어 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당하는 것으로 보기 부족할 경우, 회사의 개발 건수 중 특허출원 신청 또는 실용신안으로 등록된 건수가 소수에 불과한 경우에는 세액공제 적용이 어려울 것으로 판단됩니다.

Q4. 디자인팀과 구분되는 다른 팀에서 디자인 관련 업무를 할 경우, 관련 비용이 세액공제 대상에 해당되나요?

제품포장 디자인, 광고 관련 디자인 등의 업무를 담당하고 있는 팀의 활동은 제조부서와 디자인팀이 개발한 상품에 대한 판매 촉진을 위하여 제품의 특성을 효율적으로 홍보하기 위한 배치와 진열 등에 관한 것이라 이를 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 보기는 어렵다 할 수 있습니다

Q5.2026년 1월에 기업부설연구소를 설립하였습니다. 연구소에 소속된 전담연구원들의 인건비에 대해, 2025년에 소급하여 연구·인력개발비에 대한 세액공제 적용 가능할까요? 추가로 연구소에 등록된 연구원들에게 지 급된 랩탑이나 기계장치 등의 설비 비용도 세액공제 대상인가요?

2026년 1월 기업부설연구소를 신고하여 인정받은 경우로서 신고일 이후 발생되는 비용이 연구·인력개발비에 해당되는 경우 해당 연구·인력개발비에 대한 세액공제가 2026년에 적용 가능하며, 연구소로 인정을 받기 전 발생한 비용, 즉 2025년에 는 해당 세액공제를 받을 수 없습니다.

또한 직원들에게 지급된 랩탑이나 기계장치 등의 설비 비용은 전담부서에서 직접 사용 하기 위한 용도라 하더라도 연구·인력개발비에 대한 세액공제 적용대상이 될 수 없습니다.

Q6. 회사에서 진행하는 연구개발이 신성장·원천기술 세액공제 적용 대상에 해당되나요?

신성장·원천기술 세액공제의 경우 연구개발 대상 기술이 법에서 열거된 기술분야에 해당되어야만 공제를 적용 받을 수 있고, 신성장·원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 각각 구분경리해야 하는 등의 요건이 구비되어야 합니다. 한 편 기획재정부장관 및 산업통상자원부장관이 공동으로 운영하는 연구개발세액공제 기술 심의위원회를 통해 사전에 기업의 연구개발 대상 기술이 신성장·원천기술에 해당되는지 여부에 대해 심의를 받을 수 있습니다.

만약 세액공제를 신청하려는 기업이 기술 검토나 비용 검토 등에 대한 사전 심의 없이 세액 공제를 받을 경우 향후 사후검토 또는 세무조사 때 부인될 가능성이 있으므로, 해당 제도를 이용하여 사전에 적용 가능여부를 검토해 보는 방법도 고려해 볼 수 있습니다.

연구·인력개발비 세액공제는 요건 충족 여부에 따라 적용 가능성이 크게 달라지는 만큼, 개별 비용과 연구개발 활동의 성격을 면밀히 검토하는 과정이 무엇보다 중요합니다. 특히 공제 대상에서 제외되는 항목과 적용 시점을 정확히 이해하지 못할 경우, 사후 검토 과정에서 불이익이 발생할 수 있습니다.
제도의 취지와 요건을 충분히 이해한 상태에서 신중하게 접근한다면, 연구개발 활동에 대한 세제 지원을 보다 안정적으로 활용할 수 있을 것입니다.