스타트업 C사를 운영하던 L대표는 보유 주식을 매각하며 양도소득세를 신고·납부하였습니다. 그러나 이후 해당 C사의 실적이 악화됨에 따라, 주식매매계약서상의 사후정산 조항에 의거하여 기수령한 매각대금 중 일부를 매수인에게 반환하게 되었습니다.
이에 마일스톤은 세무대리인으로서 매각대금 반환으로 인해 줄어든 실제 양도가액을 반영하고, 이미 납부한 양도소득세를 돌려받기 위한 경정청구 업무를 수행하였습니다. 특히 이번 건은 향후 C사의 실적이 다시 회복될 경우 반환했던 대금을 다시 돌려받는다는 조건부 단서 조항이 포함되어 있어, 과세관청의 엄격한 심사가 예상되는 상황이었습니다. 과세관청은 대금 반환의 확정성과 실제 매매대금의 변동 여부를 면밀하게 검토하므로, 계약의 실질을 명확히 입증하고 이를 바탕으로 과세관청을 설득하는 전문성이 무엇보다 중요했습니다.

이번 양도소득세 경정청구 업무에서 마일스톤이 수행한 주요 업무 및 대응 내용은 아래와 같습니다.

첫째, 마일스톤은 주식매매계약서상의 사후 정산 조항을 면밀히 분석하고, C사의 실적 악화 등 정산 조건이 실제로 발생한 사실을 증명하였습니다. 또한, 실제로 매각대금이 매수인에게 반환된 금융거래 내역 등 객관적인 증빙자료를 체계적으로 정리하여 과세관청에 제출함으로써 대금 반환의 진위성에 대한 의혹을 원천 차단하였습니다.

둘째, 과세관청이 실적 회복 시 대금 재수령 가능성을 이유로 이번 대금 반환을 일시적인 거래로 오인하지 않도록 선제적으로 대응하였습니다. 마일스톤은 추후 실적 변동에 따른 재수령 여부와 관계없이, 현재 시점에서는 계약에 의해 매각대금이 명백히 감소한 것이 맞으므로 실제 L대표가 손에 쥔 금액을 기준으로 양도소득세가 재계산되어야 함을 논리적으로 주장하였습니다.

셋째, 일반적인 스타트업 주식 거래 및 사후정산 구조에 대한 과세관청 담당자의 이해를 돕기 위해 실시간으로 긴밀하게 소통하였습니다. 과세관청이 요구하는 보완 자료를 적시에 준비하고 사실관계를 명확히 설명함으로써, 불필요한 지연 없이 경정청구 절차가 신속하게 진행되도록 주도하였습니다.

마일스톤은 실적 변동에 따라 대금이 정산되는 특수한 계약 구조를 정확히 이해하고, 이에 따른 정당한 세액 재산정 논리를 완벽히 구축하여 대응하였습니다. 그 결과 과세관청으로부터 경정청구 인용 결정을 받아내어 L대표가 과다 납부했던 양도소득세를 성공적으로 전액 환급 받았습니다. L대표는 매각대금 반환으로 인한 자금 부담을 환급세액을 통해 상당 부분 완화할 수 있었으며, 복잡하고 까다로운 소명 절차를 마일스톤에 일임함으로써 세무 리스크를 안전하게 해소하고 본업에만 전념할 수 있었습니다.