최근 보다 적극적인 해외진출 및 해외 투자유치를 위해 스타트업들이 플립(flip)을 진행하는 사례가 눈에 띄게 증가하고 있습니다. 플립이란 국내기업이 외국법인을 설립하고 국내기업이 신설된 외국법인의 자회사가 되도록 하는 국내기업의 해외 현지 법인 전환을 의미합니다.

플립을 진행하는 방법은 다양하나, 플립을 위해서 해외 현지 법인을 신설하는 경우는 국내기업의 주주들이 보유하고 있는 국내기업 주식을 플립 대상 해외 현지법인에 양도하고, 그에 대한 대가로 해외 현지법인의 신주를 수령하는 형태로 진행됩니다.

이에 따라 플립 진행 시 기존 주주들이 부담하는 국내주식 양도소득세 등의 거래세가 플립을 진행하는 데 있어서 걸림돌이 될 수도 있으므로, 원활한 플립의 진행을 위해서는 주주들이 부담하게 될 거래세애 대해서 미리 검토해 볼 필요가 있습니다.

다음은 플립 진행 시 주주들이 부담하게 될 세금과 해당 세금 관련 세제 혜택입니다. 플립을 고려하고 있는 벤처기업이라면 사전에 검토 되어야 하는 사항들 입니다.

1. 주주들의 부담세금

(1) 개인주주

플립을 진행하는 국내법인의 기존 주주들이 보유한 주식을 플립 대상 해외법인에 매각함에 따라, 개인주주는 매각하는 주식에 대해서 다음의 산식에 따라 양도소득세, 지방소득세 및 증권거래세를 부담하게 됩니다.

1) 양도소득세 =(양도차익(*1) – 2,500,000원 (양도소득세 기본공제)) x 세율(*2)

(*1)양도차익 = 양도가액 – 취득가액 – 필요경비 (증권거래세, 양도소득세 신고 비용 등)
(*2) 세율

(*) 보유지분율이 4% 혹은 보유지분 액면가액의 합계액이 10억 이상인 주주

2) 지방소득세 = 양도소득세 x 10%

3) 증권거래세 = 양도가액 x 0.35%

상기의 부담세액은 양도일 속하는 반기의 말일로부터 2개월이내 신고 납부되어야 하며, 당해 연도에 해당 거래 이외의 양도소득세 신고 대상 주식 거래가 발생하였다면 익년 5월 31일까지 양도소득세 확정 신고를 진행하여야 합니다.

(2) 법인주주

국내법인의 주식을 보유하고 있는 법인 주주의 경우 주식을 매각함으로써 얻게 되는 양도소득은 법인의 과세소득에 합산되어 법인세로 과세되므로 별도로 개인주주와 달리 별도로 양도소득세 및 지방소득세를 신고 납부할 의무는 없습니다.

다만, 증권거래세의 경우 개인주주와 동일하게 양도가액의 0.35%에 상당하는 금액을 양도일 속하는 반기의 말일로부터 2개월이내 신고 납부하여야 합니다

2. 투자지분 양도세 관련 세제혜택

(1) 창업기획자(액셀러레이터)의 벤처기업 투자지분 양도세 비과세

조세특례제한법 제13조에 따르면, 「벤처투자 촉진에 관한 법률」에 따른 중소기업창업투자회사 및 창업기획자가 2025년 12월 31일까지 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 않습니다.

다만, 동 세제혜택의 경우 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 진행된 유상증자에 참여하거나, 채무를 자본으로 전환하는 등의 방법으로 취득한 투자한 지분에 대해서만 적용이 가능하며, 타인의 지분을 양수 받아서 취득한 지분에 대한 양도차익에 대해서는 적용이 불가능 합니다.

(2) 벤처기업 투자지분에 대한 양도세 비과세 (개인투자자)

조세특례제한법 제14조에 따라 개인이 직접 혹은 개인투자조합을 통하여 창업 후 5년 이내 벤처기업 인증을 받은 법인 혹은 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업에 투자하는 경우 해당 투자지분에 대한 양도소득세는 면제됩니다.

한편, 창업 후 5년 이내 최초로 출자한 날부터 3년 이내에 추가로 출자하고 최초 출자금액과 추가 출자금액의 합계액이 10억 원 이하인 경우도 세제 혜택 적용이 가능합니다.

다만, 세제혜택 적용을 위해서는 투자자는 투자일로부터 3년간 투자를 유지해야 하며, 출자 당시 해당 기업이 벤처기업에 해당하지 않는다면 세제 혜택을 적용 받을 수 없는 점에 유의하여야 합니다.

(3) 벤처기업 투자지분 양도 시 증권거래세 면제

조세특례제한법 제117조 제 1항 1호 및 4호에 따라, 액셀러레이터 혹은 벤처투자조합이 벤처기업에 직접 출자함으로써 취득한 지분을 양도하는 경우 증권거래세가 면제됩니다. 또한 벤처전문사모집합투자기구가 벤처기업에 직접 또는 투자목적회사를 통하여 출자함으로써 취득한 지분을 양도하는 경우도 증권거래세가 면제됩니다.

(4) 기타 유의사항

상기와 같이 요건을 충족하는 벤처기업 주식양도소득은 비과세 혜택이 주어집니다.

반면, 이와 같은 세제혜택 적용 대상 주식의 경우 양도가액이 취득가액보다 낮아서 양도차손이 발생하는 한다면, 납부할 세액이 없지만 해당 손실은 다른 과세대상 양도소득과 상계 할 수 없는 점에 주의하여야 합니다.

플립은 주주들의 동의 없이는 진행할 수 없는 조직구조 변경이므로, 주주들과 원활한 의사소통을 통해서 조직구조 변경의 필요성에 대한 공감과 동의를 이끌어내는 것이 가장 중요합니다. 따라서 성공적인 플립 진행을 위해서는 주주들이 부담하게 될 세부담액 검토 및 이를 최소화할 수 있는 방안 모색이 반드시 필요할 것 입니다.