매년 5월 31일은 직전 연도 소득에 대해 종합소득세를 신고 납부하는 기한입니다. 직장인들의 경우 13월의 월급으로 불리는 2월의 연말정산을 통해 직전 연도 근로 소득에 대한 신고 납부 의무가 완결되지만, 근로소득 이외에 개인사업자, 프리랜서 혹은 기타소득 등이 발생하는 경우 5월 말까지 종합소득세 신고를 해야 합니다. 근로소득자의 경우도 직전 연도에 이직 등으로 인해 2개의 회사로부터 근로소득을 받은 경우 혹은 연말정산 시 미처 반영하지 못한 소득공제 등이 있는 경우 종합소득세 신고가 필요합니다.

오늘은 벤처기업 종사자 혹은 투자자에게 주어지는 세제혜택에 대해서 다루어 보면서 혹시 생각하지 못했던 14월의 급여를 받을 가능성이 있는지 살펴보는 시간을 갖도록 하겠습니다.

벤처기업 스톡옵션 관련 세제혜택

1) 벤처기업 스톡옵션 행사차익의 비과세

임직원이 부여받은 스톡옵션의 경우 행사 시점의 주식의 시가와 행사가액의 차이는 근로소득(퇴사 후 행사 시 기타소득)으로 과세 됩니다. 하지만 벤처기업의 임직원이 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 부여된 스톡옵션을 행사하는 경우 아래 금액에 대해서는 비과세 혜택이 주어집니다.

부여시점
2020년 1월 1일 이전		부여시점
2020년 1월 1일 이후
2024년 12월 31일 이전
행사시점
2022년 1월 1일 이전		비과세 2천만 원비과세 3천만 원
행사시점
2022년 1월 1일 이후		비과세 5천만 원비과세 5천만 원

원칙적으로 비과세 혜택 적용을 위해서는 스톡옵션 행사일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말까지 회사가 세무서에 특례적용명세서를 제출해야 합니다.

이미 연말정산을 완료해 종합소득세 신고 의무가 없는 근로자의 경우에도 요건을 만족하는 스톡옵션 행사차익에 대해 비과세 혜택이 제대로 반영되었는지 다시 한번 체크해 보면 좋을 것 같습니다.

2) 벤처기업 스톡옵션 납부특례

벤처기업의 임직원이 행사한 스톡옵션 행사차익의 경우 해당 소득에 대해 원천징수를 배제하고 관련 세금을 5년에 걸쳐서 분할해서 납부할 수 있는 세제혜택도 존재합니다. 스톡옵션을 행사하여도 당장 현금이 유입되는 것이 아닌 점을 고려한 혜택인데요. 이를 적용하기 위해서는 스톡옵션 행사자는 회사에 행사일이 속하는 다음 달 5일까지 특례적용신청서를 제출하고 회사는 10일까지 관할 세무서에 특례적용명세서를 제출하여야 합니다.

다만, 회사가 행사일이 속하는 다음 달 10일까지 특례적용명세서를 제출하지 않은 경우에도 스톡옵션 행사자가 종합소득세 신고 시 특례적용신청서를 제출하는 경우 분할 납부의 혜택을 적용받을 수 있습니다.

위와 같은 두 가지 세제혜택 이외에도 벤처기업의 적격스톡옵션 (벤처기업 육성에 관한 특별조치법에 따른 주식매수선택권으로 행사가액의 합계가 3년간 5억 원 이하인 것)에 대해 행사 시 근로소득으로 과세하지 않고 양도 시 양도소득으로 과세하는 과세특례 규정이 존재합니다.

다만, 이를 적용하기 위해서는 스톡옵션 행사자가 행사 이전에 스톡옵션주식 전용계좌를 개설하고 해당 계좌로 스톡옵션 행사 주식이 입고되는 등의 절차가 필요하므로 안타깝게도 사후적으로 적용할 수는 없는 혜택입니다.

또한, 기존에 과세특례를 신청하였더라도 3년간의 행사가액이 5억을 초과하는 경우 해당 특례규정은 더 이상 유효하지 않고 해당 시점이 속한 연도 소득으로 과세 됩니다. 이경우 갑자기 많은 세금이 발생할 수 있으나, 위와 같은 납부특례 규정 신청을 통해 세금을 5년에 걸쳐서 분할 납부할 수 있기 때문에 세제혜택 적용 상황을 다시 한번 체크해 보시는 것을 추천드립니다.

2. 벤처기업 투자금액 소득공제

앞에서 살펴본 세제혜택은 밴처기업 임직원 (혹은 퇴사자)에게만 적용 가능하나, 본 문단에서 소개하는 벤처기업 투자금액 소득공제의 경우 벤처투자조합등에 투자한 거주자라면 누구나 종합소득금액에서 투자금액의 10%를 공제할 수 있는 세제혜택입니다.

또한, 1) 개인투자조합에 출자한 금액을 벤처기업 등에 투자한 경우, 2) 벤처기업에 직접 투자 한 경우, 3) 클라우드펀딩에 투자한 경우 3천만 원 이하까지는 전액, 3천~5천만 원까지는 투자금액의 70%, 5천만 원 초과분은 30%를 종합소득금액에서 공제할 수 있습니다.

다만, 모든 공제금액은 종합소득금액의 50%를 한도로 하며, 소득공제를 적용받은 자가 출자일 또는 투자일부터 3년이 지나기 전에 출자지분 또는 투자지분을 이전 또는 회수하는 경우 공제받은 세액을 추징 당할 수 있으니 주의가 필요합니다.

소득공제 적용을 위해서는 종합소득세 신고 시 소득공제신청서 및 출자 또는 투자확인서를 제출해야 합니다. 투자확인서는 벤처기업 등에 직접 투자한 경우 투자한 벤처기업을 통하여 중소기업청 및 각 지방중소기업청에 발급 신청을 해야 하며, 투자조합 및 벤처기업증권투자신탁 수익증권에 투자한 경우 투자조합관리자(투자회사) 및 증권투자위탁회사에게 확인서 발급 신청을 해서 수령해야 합니다.

“아는 만큼 보인다”라는 말과 같이 벤처기업 관련 주요 세제 혜택을 확인해 보시고, 종합소득세 신고 기한 전까지 다시 한번 체크해 보시기 바랍니다.