본 칼럼은 2025년 2월 12일에 마지막으로 업데이트 되었습니다.

연구인력개발비 세액공제 혹은 R&D 세액공제는 게임, 바이오, 기술 기반의 제조업 등 연구개발 활동이 필수적인 스타트업 혹은 중소기업에게 너무나 소중한 세제혜택입니다. 연구개발 활동을 하고 있다면 다른 세액공제와 비교하여 상대적으로 적용도 용이하면서 공제율도 높고, 가장 중요한 점은 최저한세의 적용을 받지 않으므로 납부세액을 0까지도 줄일 수 있다는 점에서 너무나 중요한 세액공제이죠.

많은 회사가 쉽고 당연하게 적용받고 있는 세제혜택이지만 세부적으로 들어가면 놓치기 쉬운 부분이 많이 있습니다.

1. 인건비

연구개발 활동을 하고 있는 연구원의 인건비가 R&D 세액공제의 적용 대상이 됩니다. 가장 기본적인 비용이지만 몇 가지 염두에 둘 사항이 있습니다.

(1) 전담 요원

이때 가장 주의할 점은 연구원이 연구개발 활동을 ‘전담’ 해야 한다는 것입니다. 만일 연구원이 연구개발 활동 외에 다른 활동을 한 것이 밝혀질 경우에 해당 연구원의 인건비 전액이 세액공제 대상에서 배제되게 되는 큰 문제가 발생할 수 있습니다.

(2) 4대보험 회사 부담분

단순하게 급여뿐만 아니라 4대보험 회사 부담분도 세액공제 적용 대상이 됩니다. 회사가 부담한 국민,건강,고용, 산재보험에 대한 부담분은 세액공제 적용 대상입니다. (기존에는 관련 유권해석 등을 통해 산재보험의 회사부담분의 경우 세액공제 대상 비용에 해당하지 않는 것으로 구분하였으나, 24년 2월 조세특례제한법 시행령 [별표6]의 개정으로 산재보험료도 세액공제 대상에 해당하는 것으로 정리되었습니다) 

실무적으로는 각 연구원에 해당하는 부담분을 짧은 법인세 신고 기간에 정확히 확인하는 것은 한계가 있어 미리 준비하거나, 법인세 신고 기간 이후에 경정청구를 진행하는 방식이 보다 정확하고 문제없이 세제혜택을 받는 방법이라고 판단됩니다.

(3) 퇴직급여

퇴직금은 단순한 당해 비용이 아니라 누적된 근무기간에 대응하는 비용이므로 인건비에 포함되지 않습니다. 다만, DC형 퇴직연금 불입액의 경우 2019년까지의 불입액은 인건비로 인정됩니다. 과거 논란이 되었으나 대법원 판결로 DC형 퇴직연금 불입액 역시 인건비에 포함되는 것으로 정리된 바 있습니다. 그러나 이후 법 개정으로 2020년부터의 퇴직연금 불입액은 R&D 세액공제 대상 인건비에 포함되지 않습니다.

2. 위탁연구개발비

다른 법인에 연구개발 활동을 위탁하였는데 위탁을 받은 법인, 즉 수탁법인이 기업부설연구소 등록이 되어 있는 등, R&D 세액공제 적용 요건을 만족한다면, 위탁법인에서 R&D 세액공제를 적용받을 수 있습니다. 여기서 주의할 점은 수탁법인의 연구개발 활동은 연구개발 활동이 아닌 매출, 영업활동으로 간주되므로 수탁법인 입장에서는 R&D 세액공제가 불가능하다는 점입니다.

또한, 기업부설연구소 등록 등 R&D 세액공제 요건을 위탁법인이 아닌 수탁법인이 충족해야 한다는 점에도 주의할 필요가 있습니다.

3. 신성장 R&D 세액공제

미래유망성 및 산업 경쟁력 등을 고려하여 지원할 필요성이 있다고 인정되는 일부 기술에 대해서는 신성장 원천기술 R&D 세액공라고 하여 더 높은 공제율을 적용 받을 수 있습니다. 중소기업을 기준으로 최소 30%, 최대 40%의 엄청난 공제율 적용이 가능합니다. 자율주행차, AI, IOT, 블록체인, 3D 프린팅 등이 이에 해당합니다.

또한 반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 미래형 이동수단, 바이오의약품 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 분야와 관련된 기술로서 국가안보 차원의 전략적 중요성이 인정되고 국민경제 전반에 중대한 영향을 미치는 국가전략기술에 해당하는 경우 공제율은 40%~50%에 달합니다. 

다만, 신성장 및 국전략기술 R&D 세액공제를 적용받기 위해서는 기획재정부와 산업통상자원부가 공동으로 운영하는 연구개발세액공제심의위원회를 통하여 심의를 받는 것이 좋으며 세액공제 적용에도 더 많은 서식과 자료가 필요하니 적용받기 이전에 반드시 자문을 받고 심의 준비를 하는 것이 좋습니다.

4. 투자세액공제

엄밀하게는 연구인력개발비 세액공제에 해당하지 않지만, 연구개발 활동을 위해 취득한 유형자산에 대해서는 투자세액공제 적용이 가능합니다. 기본적으로 중소기업 기준 투자금액의 10%에 해당하는 금액에 대해 세액공제를 받을 수 있습니다.