2022년 귀속 법인세 신고를 앞둔 상황에서, 중소기업 대상으로 적용 가능한 세액공제 관련 자주 묻는 질문 및 답변을 정리해 보았습니다. 이번 법인세 신고에서 세액공제 적용 여부를 검토할 때, 아래 케이스와 회사가 처한 상황이 동일하다면 참고가 될 수 있을 것입니다.

Q. 2023년 1월에 기업부설연구소를 설립하였습니다. 연구소에 소속된 전담연구원들의 인건비에 대해 2022년에 소급하여 연구·인력개발비에 대한 세액공제 적용 가능할까요? 추가로 연구소에 등록된 연구원들에게 지급된 랩탑이나 기계장치 등의 설비 비용도 세액공제 대상인가요?

A. 2023년 1월 기업부설연구소를 신고하여 인정받은 경우로서 신고일 이후 발생되는 비용이 연구·인력개발비에 해당되는 경우, 해당 연구·인력개발비에 대한 세액공제는 2023년에 적용 가능하며 연구소로 인정을 받기 전 발생한 비용, 즉 2022년에는 해당 세액공제를 받을 수 없습니다. 또한 직원들에게 지급된 랩탑이나 기계장치 등의 설비 비용은 전담부서에서 직접 사용하기 위한 용도라 하더라도 연구·인력개발비에 대한 세액공제 적용대상이 될 수 없습니다.

Q. 회사에서 진행하는 연구개발이 신성장·원천기술 세액공제 적용 대상에 해당되나요?

A. 신성장·원천기술 세액공제의 경우 연구개발 대상 기술이 법에서 열거된 기술분야에 해당되어야만 공제를 적용받을 수 있고, 신성장·원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발빌르 각각 구분경리해야 하는 등의 요건이 구비되어야 합니다.

한편 기획재정부장관 및 산업통상자원부장관이 공동으로 운영하는 연구개발세액공제 기술심의위원회를 통해 사전에 기업의 연구개발 대상 기술이 신성장·원천기술에 해당되는지 여부에 대해 심의를 받을 수 있습니다. 만약 세액공제를 신청하려는 기업이 기술 검토나 비용 검토 등에 대한 사전 심의 없이 세액공제를 받을 경우, 향후 사후검토 또는 세무조사 때 부인될 가능성이 있으므로 해당 제도를 이용하여 사전에 적용 가능 여부를 검토해 보는 방법도 고려해 볼 수 있습니다.

Q. 중소기업이 해당 업종의 사업에 직접 사용하는 소프트웨어(지원업무 소프트웨어, 일반 사무 소프트웨어, 기본 운영체제 소프트웨어)가 통합투자세액공제 적용 대상인가요?

A. 지원업무, 일반 사무를 위한 소프트웨어 및 기본 운영체제 소프트웨어에 투자하는 경우에는 조세특례제한법 시행규칙에서 통합투자세액공제를 적용하지 못하도록 규정하고 있습니다.

Q. 성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제 관련하여, 2022년에 대한 성과급을 2022년 12월 31일 기간 내에 지급하였을 경우에만 적용이 가능한가요? 2023년 1월에 지급할 경우 2022년에 해당 세액공제를 적용받을 수 있나요?

A. 중소기업이 요건을 갖추어 상시근로자와 경영성과급 지급약정을 체결하고 그 약정에 따라 경영성과급을 지급하면 해당 지급한 연도에 세액공제를 적용받습니다. 따라서 당해 연도 성과급을 2023년에 지급하게 되는 경우 해당 성과급에 대한 세액공제는 2023년에 적용받을 수 있는 것으로 판단됩니다. 참고로 성과공유 중소기업의 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직접 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 공제를 적용할 수 없습니다.

Q. 통합투자세액공제 적용 대상인 사업용자산 중 무주택 종업원(출자임원 제외)에게 임대하기 위한 국민주택 규모의 주택에 오피스텔도 포함되나요? 2022년 통합투자세액공제를 적용받기 위해 2022년에 해당 부동산에 대한 계약이 이루어져야 하나요?

A. 무주택 종업원에게 임대하기 위한 국민주택 규모의 주택 및 종업원용 기숙사는 근로자복지증진 시설로서 통합투자세액공제 대상이 되는 사업용 자산에 해당됩니다. 관련 예규에서는, 무주택 종업원에게 상시 주거용으로 임대하기 위해 국민주택 규모 이하의 오피스텔을 취득하는 경우 세액공제가 가능하다고 하고 있습니다.

한편 투자의 개시 시기는 매매계약에 의하여 매입하는 경우에는 계약금 또는 대가의 일부를 지급한 때(계약금 또는 대가의 일부를 지급하기 전에 당해 시설을 인수한 경우에는 실제로 인수한 때)이며, 해당 사업용자산에 대한 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 세액공제를 적용합니다. 따라서 12월 31일 이내에 해당 계약금 또는 대가의 일부가 지급되어야 투자액에 대한 세액공제를 적용받을 수 있습니다.

Q. 2020년에 창업한 회사인데 2022년에 근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제를 적용할 수 있나요?

A. 근로소득증대세제의 경우 해당 과세연도의 평균임금 증가율이 직전 3년간 평균임금의 증가율의 평균보다 크고 상시근로자의 수가 직전 연도에 비하여 감소하지 아니한 기업에 대하여 적용 가능합니다. 다만 조특법에서는 창업 및 휴업 등의 사유로 직전 3년 평균임금 증가율의 평균을 계산할 수 없는 경우에는 해당 세액공제를 적용할 수 없도록 하고 있습니다. 따라서 2020년에 설립한 회사의 경우 직전 3년간 평균임금 증가율의 평균을 구할 수 없어 해당 세액공제를 적용할 수 없습니다.