세법에는 여러 종류의 법이 있는데 그 중에도 조세제한특례법(이하, 조특법) 이라는 법이 있습니다. 해당 법은 이름에서 알 수 있듯이 법인세, 소득세, 상속 및 증여세 등등 각종 세금과 관련하여 특례, 즉 세금을 깎아주거나 면제해주는 혜택과 이에 대한 제한사항을 규정하고 있는 법입니다.

오늘은 이 조특법에 규정되어 있는 고용증대세액공제에 대해서 알아보고자 합니다. 이 세액공제는 회계 실무 담당자라면 한번쯤은 들어 보셨을 텐데요. 그도 그럴 것이 법인 혹은 사업체의 고용인원이 증가하면 적용받을 수 있는 세액공제이기 때문에, 전담 연구소를 갖추고 있거나 특정 업종 및 지역 요건을 갖추어야 적용받을 수 있는 다른 세액공제/감면에 비해서 고용증대세액공제는 비교적 적용 받을 수 있는 업체의 범위가 넓은 편입니다.

1. 고용증대세액공제는 어떤 혜택인가요?

소비성서비스업(호텔업, 주점업등) 이외의 업종을 영위하는 내국법인이 전년도 대비 상시고용인원이 증가한 경우 아래의 계산식에 따라 산출된 금액을 해당연도 법인세 혹은 소득세에서 공제 받을 수 있습니다.

세액공제= 전년도 대비 상시근로자(*1) 증가 인원 수 x 공제금액

구분	중소기업 (수도권)	중소기업 (지방)	중견기업 (수도권)	중견기업 (지방)	대기업 (수도권)	대기업 (지방)
청년 등 상시근로자(*2)	1,100만 원	1,200만 원 (1,300만 원)	800만 원	800만 원 (900만 원)	400만 원	(400만 원) 500만 원
그 외 상시근로자	700만 원	770만 원	450만 원	450만 원	–	–

※ 괄호 안의 공제금액은 21년 및 22년 한시 적용
(*1)「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자 (단기근로자, 최대주주 등 제외)

(*2) 15세 이상 29세 이하인 사람, 장애인 및 근로계약 체결일 현재 연령이 60세 이상인 사람 (2021년부터 적용)

또한, 해당연도뿐만 아니라 이후 사업연도에 세액공제를 최초 적용한 연도보다 전체 상시근로자 수 및 청년 등 상시근로자수가 증가 혹은 유지된다면 중소기업의 경우 최초 사업연도의 세액공제를 2년간 추가로 적용받을 수 있기 때문에, 상당히 매력적인 혜택이 아닐 수 없습니다.

다만, 고용증대세액공제는 최저한세 적용대상이므로 해당연도의 최종 납부세액이 최저한세애 미달하는 경우 적용을 하지 못하고 이월될 수 있으며, 세액공제액의 20% 만큼을 농어촌특별세액으로 납부해야 합니다.

2. 혜택만큼 무서운 사후관리

상당한 혜택이 주어지는 만큼 고용증대세액공제는 사후관리도 엄격하고 복잡합니다. 고용인원이 증가한 경우 지원하는 혜택이므로 혜택을 적용 받은 해보다 고용인원이 감소하게 되면 받았던 혜택을 다시 반납해야 하는데요. 개념적으로는 간단하지만 최초의 세액공제금액 자체가 고용인원의 연령 등에 따라 차등을 두어 계산되었으므로, 사후관리도 각각의 케이스 별로 상이하기 때문에 실제 적용에서는 많은 혼선이 발생합니다.

우선 사후관리를 적용하기 위해서는 세액공제 적용 이후 2년간 각 과세연도의 청년 등 상시근로자 수 또는 전체 상시근로자 수가 공제를 받은 과세연도보다 “감소” 해야 합니다.

가장 이해하기 쉬운 케이스는 청년 등 상시근로자 수 및 그 외 근로자수가 모두 감소한 경우인데요. 이 경우는 직관적으로 각각의 감소인원에 대한 세액공제액을 추징하면 됩니다.

그렇다면, 전체 상시근로자수는 변동 없지만 청년 등 상시근로자 수가 감소하고 그 외 근로자수는 증가한 경우는 어떨까요? 반대로 상시근로자수는 유지 되었으나 청년 등 상시근로자수는 증가하고 그 외 근로자수는 감소한 경우는 추징 대상일까요?

정답은 전자는 청년 등 상시근로자수가 감소하였기 때문에 추징 대상에 해당하며, 후자는 청년 등 상시근로자 수 및 전체 상시근로자수가 변동 없으므로 그 외 근로자수는 감소하였지만 추징 대상에 해당하지 않습니다.

발생할 수 있는 다양한 케이스를 정리해 보면 아래 표와 같이 정리해 볼 수 있을 것 같습니다.

전체 상시근로자 수	청년 등 상시근로자 수	그 외 상시근로자 수	추징세액
감소	감소	감소	Case 1
감소	감소	증가	Case 2
감소	증가 or 변동없음	감소	Case 1
변동없음	감소	증가	Case 3
변동없음	증가	감소	–
변동없음	변동없음	변동없음	–
감소	감소	증가	Case 3
감소	증가	감소	–

<Case 1 추징세액>
Min ( A1, C1 ) x a + Min ( B1, C1) x b

<Case 2 추징세액>
(Min( A1, A2) – C1 ) x (a-b) + C1 x a

<Case 3 추징세액>
Min( A1, A2) x (a-b)

A1= 청년 등 상시근로자 감소 인원수
A2= 최초 세액공제 적용시 청년 등 상시근로자 증가인원수
a= 청년 등 상시근로자 공제금액
B1=그 외 상시근로자 감소
b=그 외 상시근로자 공제금액
C1= 전체 상시근로자 감소 인원수

추징여부를 판단하는 것도 어렵지만 납세자를 더 어렵게 하는 것이 또 하나 더 있습니다. 추징요건을 만족하는 경우 세액을 추가납부하는 순서인데요. 고용증대세액공제의 경우 최저한세 적용 대상이므로 세액공제 금액을 전액 납부할 세금에서 공제 받지 못하고 이월하는 경우가 더러 발생합니다. (이월세액은 향후 10년간 공제 가능) 이런 상황에서 추징세액이 발생하는 경우 과세관청은 공제받은 금액을 한도로 추가납부를 하고 나머지 금액은 이월된 세액공제에서 차감하도록 하고 있습니다.

이런 규정을 사례를 통해 알아보면 다음과 같습니다.

20×1년 : 주식회사 마일스톤은 전년도 대비 각각 청년 상시근로자 2인 및 그 외 상시근로자 1인을 추가 채용하여 2,900만원의 세액공제(1차년도 세액공제)를 적용받아 전액 법인세에서 차감하였습니다.

20×2년: 주식회사 마일스톤의 인원의 변동이 없었으나, 청년 및 전채 상시근로자수가 감소하지 않았으므로 2차년도 세액공제인 2,900만원을 적용받았습니다. 다만 해당 금액은 최저한세 제한으로 인해 공제되지 못하고 전액 이월되었습니다.

20×3년: 퇴사로 인해 전년 대비 청년 등 상시근로자 수가 2인 감소하였습니다. 한편, 주식회사 마일스톤은 올해 결손이 발생하여 납부할 세금이 없는 상태입니다.

주식회사 마일스톤은 20×3년에 과연 세금을 납부하지 않아도 될까요? 정답은 “아니오” 입니다. 청년 등 상시근로자수가 최초 세액공제를 적용하였던 20×1년 대비 감소하였기 때문에 추징세액이 4,400만원(=청년 등 상시근로자수 감소인원 2인 x 1100만원 x 2회) 발생하였고, 20×1년 공제 받은 세액이 2,900만원 있으므로 20×3년은 결손임에도 불구하고 2,900만원을 추가적으로 납부해야 합니다.(농어촌특별세 환급액 고려 시 실질 부담세액은 2,320만원)

또한, 나머지 추징세액 1,500만원( = 4,400만원 – 2,900만원)은 이월세액에서 차감하여야 합니다.

사실 엄밀히 따지면 1차년도에 공제받은 2,900만원 중 청년 등 상시근로자수 증가로 인해 공제 받은 금액은 2,200만원이고 나머지 700만원은 감소하지 않은 그 외 상시근로자의 증가로 인해 공제 받은 금액이지만, 주식회사 마일스톤은 20×1년 공제받은 2.900만원을 고스란히 다시 납부해야 하는 것 입니다. 추징세액은 분납도 적용되지 않는 점을 고려한다면 결손이 발생한 중소기업의 입장에서는 너무 가혹하고 다소 억울한 상황이 아닐 수 없습니다.

이렇게 고용증대세액공제는 많은 기업들에게 적용될 수 있는 보편적이고 혜택이 큰 세액공제이지만 적용이나 사후관리에 있어서 수많은 경우의 수가 존재하며, 추징으로 인한 세액 부담도 상당한 양날의 검과 같습니다. 따라서 적용에 있어서 상당한 주의가 필요하며, 향후 고용 계획도 고려하여 적용하는 것을 추천 드립니다.