벤처기업이 부여하는 스톡옵션에 대해서는 다양한 세제 혜택이 존재한다. 2억 원까지는 비과세되며, 5년간 부과된 세금을 분할하여 납부할 수도 있고, 혹은 세금 납부 시점을 해당 주식을 양도하는 시점으로 미룰 수도 있다.

오늘 칼럼에서는 이와 같이 다양한 벤처기업 스톡옵션의 세제 혜택을 실제 근로자들이 스톡옵션을 행사할 때 적용하면서 발생하는 실무적인 궁금증에 대해서 다뤄보고자 한다.

Q1. 각 세제혜택을 신청하기 위해서 필요한 절차는?

1) 비과세 특례 적용을 위한 신청 절차

스톡옵션 행사자는 별도로 제출할 서류가 없으며, 원천징수 의무자인 회사는 비과세특례적용명세서를 스톡옵션 행사일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출해야 한다.

다만, 분할납부 특례 혹은 과세이연 특례를 같이 신청하는 신청자에 한해서는 비과세특례적용명세서 제출을 하지 않을 수 있다. 

2) 분할납부 특례 적용을 위한 신청 절차

a. 스톡옵션 행사자 

– 특례적용신청서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 회사에 제출하여야 한다.

– 스톡옵션을 행사한 과세기간 및 이후 분할납부기간의 종합소득세 신고 (매년 5월말까지)를 반드시 해야 하며, 종합소득세 신고 시 특례적용신청서의 사본을 세무서에 제출해야 한다. 

b. 회사 (원천징수의무자): 특례적용대상명세서를 스톡옵션을 행사한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 관할 세무서장에 제출해야 한다.

3) 과세이연 특례 적용을 위한 신청 절차

a. 스톡옵션 행사자: 회사에 행사 전까지 스톡옵션 전용 계좌를 개설하고 전용계좌개설확인서 및 특례적용신청서를 제출하여야 한다.

b. 회사 (원천징수의무자): 행사한 주식을 직원의 전용계좌로 입고하고, 스톡옵션 행사주식지급명세서 및 특례적용대상명세서 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출해야 한다

한편, 관련 예규에 따르면 분할납부 특례 신청의 경우 신청 기한 (행사한 날이 속하는 달은 다음달10일) 을 지나서 사후적으로 신청하는 경우도 적용 가능하나, 과세이연 특례의 경우 해당 특례 적용을 위해서는 행사 전 전용계좌개설 및 해당 계좌를 통한 행사 주식 입고가 이루어져야 하므로 이러한 절차적 요건을 갖추지 못한 상황에서의 사후적 신청은 불가능하므로 특례 신청 시 주의가 필요하다. 

Q2. 스톡옵션 행사차익 중 일부에 대해서는 분할납부 세제혜택을 적용하고, 나머지에 대해서는 과세이연 세제혜택을 선택적으로 적용 할 수 있을까?

납세자의 선택에 따라 세제혜택 요건을 충족한다면 일부 스톡옵션 행사차익에 대해서는 분할납부 신청하고, 나머지에 대해서는 양도 시점에 양도소득세로 세금을 납부하는 과세이연 세제혜택을 을 적용 할 수 있다.

다만, 이때 한가지 주의해야 할 점은 과세이연 세제혜택의 경우 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액이 5억을 초과 하는 경우 적용이 불가능하므로, 만약 이러한 경우라면 과세이연은 선택이 불가능하고 전체 행사차익에 대해서 분할납부 세제혜택만 적용 가능하다. 

Q3. 스톡옵션 행사자 중 해외에서 근무하는 해외 근로자가 있는 경우 해당 직원에 대한 스톡옵션 행사차익은 어떻게 과세될까?

국내외 모든 소득에 대해서 과세되는 거주와는 달리, 비거주자의 경우 해당 소득이 국내원천소득으로 구분되는 경우 한국에서 과세권이 있지만 그렇지 않은 경우는 한국에서는 과세되지 않는다. 

근로자가 근로 중 스톡옵션을 행사하여 발생한 행사차익은 근로소득에 해당하며, 소득세법상 국내에서 제공하는 근로와 특정 근로 (임원으로 받는 급여 등)의 대가에 대해서만 국내에서 과세되는 국내 원천 근로소득으로 구분하고 있다.

즉, 1) 해외 현지에서 근무하는 근로자이며, 2) 우리나라에 체류하는 기간이 183일을 넘지 않고 국내에 주소지가 없는 소득세법 상 비거주자 요건을 만족 한다면, 해외 근무에 대한 대가로 받은 스톡옵션의 행사차익은 우리나라에서 과세 되지 않는 것이다. 

따라서 해외 근로자의 스톡옵션 행사차익에 대한 과세 여부를 판단할 때는 해당 직원이 비거주자의 요건을 충족하는지, 행사하는 스톡옵션이 해외에서 제공한 근로에 대한 대가로 부여 된 것인지 여부 등에 대한 확인이 중요하다.

Q4. 스톡옵션 행사차익에 대해서도 건강보험료가 부과될까?

건강보험료 산정의 기준이 되는 월보수액에 대해서 규정하고 있는 국민건강보험법 시행령에 따르면, 소득세법상 비과세 규정을 적용 받는 소득에 대해서는 월보수액에 제외되는 것으로 규정하고 있으나 조세특례제한법(이하, 조특법)에 따른 비과세 규정에 대해서는 월보수액 제외 여부가 따로 규정되어 있지는 않다.

기존의 건강보험료 사무편람 등에 따르면 조특법에 따른 비과세 소득은 건강보험료가 부과되는 보수에 포함되어야 하는 것으로 간주하였으나, 최근 판례(서울행정법원2024.5.2.선고2023구합70374판결[국민건강보험료부과처분취소])에 따르면, 국민건강보험료 등 산정의 기초가 되는 보수에서 제외하여야 할 “소득세법에 따른 비과세 근로소득’”에는 조특법에 따른 비과세 근로소득도 포함 된다고 판단함에 따라 조특법상 비과세 된 스톡옵션 행사차익에 대해서 건강보험료 부과를 취소되어야 한다고 판결 하였다.

따라서 조특법에 따라 비과세 되는 벤처기업 스톡옵션 행사이익에 대해서는 건강보험료가 부과되지 않는 것으로 판단된다.

다만, 조특법에 규정되어 있는 분할납부나 과세이연의 경우 비과세 규정은 아니다. 따라서 이와 같은 세제혜택을 적용한 스톡옵션 행사차익도 월수액에서 제외되는 소득으로 판단 할 수는 없는 것으로 보이나 향후 새로운 판례나 해석이 나오는지 여부에 주의를 기울여 볼 필요가 있을 것 같다.