근로자 승계시 고용 관련 세액공제 주의할 점

고용증대세액공제, 중소기업사회보험료세액공제, 통합고용세액공제 등은 조세특례제한법상 기업이직전 과세연도 대비 상시근로자를 증가시킨 경우 그 증가 인원에 대해 일정 금액을 세액에서 공제해주는 제도이다. 이는 기업의 고용 확대를 유도하여 실업 완화와 노동시장 활성화를 달성하려는 목적을 가지고 있다. 특히 중소기업의 경우 신규 채용이나 근로자 유지에 드는 비용 부담이 크므로, 중견기업 및 대기업에 비해 증가 인원당 더 큰 세액공제 효과를 누릴 수 있고, 이를 통해 상당한 인건비 부담 경감이 가능하다. 

2023~2024 사업연도까지는 기존 제도(고용증대세액공제, 중소기업사회보험료세액공제 등)와 고용지원 관련 세액공제 제도를 하나로 통합한 통합고용세액공제 중 선택 적용이 가능했으나, 2025 사업연도부터는 통합고용세액공제만 적용 가능하다. 

각 세액공제 별로 세부적인 요건은 조금씩 차이가 있으나, 큰 틀에서 고용 관련 세액공제는 모두 ‘상시근로자’의 증가를 전제로 한다. 이때 상시근로자 계산 시 합병, 사업의 양수, 또는 특수관계인으로부터 근로자를 승계하여 근로자 수가 증가한 경우에는 실제 고용창출효과가 발생한 것으로 보기 어려우므로 세액공제 대상 증가인원으로 보지 않는다. 따라서, 세액공제액 계산 시 승계 내역을 반영해 직전 과세연도 및 해당 과세연도의 상시근로자 수를 조정해야 한다. 

조세특례제한법 시행령 제23조 제13항에 따르면, 상시근로자 수를 구체적으로 다음과 같이 계산하도록 되어 있다. 

• 승계시킨 기업(피합병법인, 양도법인 등)의 직전 과세연도 상시근로자 수:
  직전 과세연도 상시근로자 수 − 승계한 상시근로자 수
  
  
• 승계한 기업(합병법인, 양수법인 등)의 직전 과세연도 상시근로자 수:
  직전 과세연도 상시근로자 수 + 승계한 상시근로자 수
  
  
• 해당 과세연도의 상시근로자 수:
  과세연도의 개시일에 승계가 이루어진 것으로 보아 계산

다만 상기 법문구를 토대로 실제 상시근로자 수를 계산하는 데 어려움이 있어, 기획재정부에서는 합병등기일이 속하는 사업연도에 합병법인 및 피합병법인의 고용증대세액공제 관련 증가한 상시근로자 수 계산 시, 직전 과세연도 및 당해 과세연도에 상시근로자 수는 피합병법인에 근무한 근로자를 합병법인에 근무한 것으로 간주하여 상시근로자 수를 계산하는 것으로 해석한 바 있다(조세특례제도과-30, 2024. 1. 15.) 

실무상 회계담당자는 합병, 사업의 양수, 또는 특수관계자로부터 근로자를 승계하더라도, 다른 법인에서 퇴사처리 후 해당 법인에 입사처리되므로 상시근로자가 증가한 것으로 판단할 가능성이 높다. 그러나 고용창출효과에 따른 인건비 부담 경감이라는 세액공제의 원래 취지를 감안할 때, 이러한 승계 인원은 세액공제대상 증가 인원으로 보지 않는다는 점을 유의할 필요가 있다. 반대로 과거에 합병, 사업의 양도, 또는 특수관계자에게 근로자를 승계하면서 상시근로자가 감소한 것으로 판단하여 기존에 적용받았던 세액공제을 추가납부하거나, 세액공제를 미적용한 경우도 있을 수 있다. 이 경우는 세무대리인과 협의하여 경정청구 대상 여부를 검토할 필요가 있다.  

근로자 승계가 있는 합병·양수도·특수관계자 거래 시 상시근로자 수 산정은 단순한 인원 증감이 아니라 승계 여부를 반영해야 한다. 이를 간과하면 세액공제를 과다 적용하거나 반대로 누락하여 불이익을 초래할 수 있으므로, 신규 채용으로 인한 증가인지 승계로 인한 증가인지 세무대리인과 확인 후 공제 적용 가능성을 사전에 점검할 필요가 있다.