부가가치세법에 따르면 사업자는 과세 재화나 용역을 공급할 때 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 내야 하지만, 사업 양도 시 다음의 ‘포괄 양도​·양수’ 거래 요건을 충족하는 경우에는 부가가치세 과세 대상에서 제외됩니다.

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사업의 포괄 양도·양수

포괄 양도·양수란 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 말합니다. 다음 요건을 충족하는 사업 포괄 양도·양수의 경우, 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 않으므로 양도자는 세금계산서를 발행하지 않습니다.

포괄 양수도 요건
1. 사업장별 사업의 승계
2. 사업에 관한 모든 권리(자산의 소유권)와 의무(부채 변제의무)를 포괄적으로 승계
* 단, 다음의 일부 권리·의무를 포함하지 않은 경우에도 포괄적 승계로 본다.
① 미수금에 관한 것
② 미지급금에 관한 것
③ 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서, 법인세법 시행령 제49조 제1항에 따른 자산
3. 사업의 동일성 유지
사업용 자산을 비롯한 물적·인적 시설 및 권리·의무 등을 포괄적으로 양도함으로써 경영 주체만 변경되고 사업의 동일성은 유지

이로 인해 부가가치세 과세 및 환급 등에 소요되는 행정적 낭비를 방지하고 양수인은 불필요한 자금 부담을 받지 않는 장점이 있습니다.

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포괄 양도·양수 시 주의사항

포괄적 사업 양도·양수도 해당 여부는 실질에 따라 신중하게 판단해야 하는 사항입니다. 만일 사업 양도·양수에 해당함에도 불구하고 세금계산서를 발행하거나, 해당하지 않음에도 잘못 판단하여 세금계산서를 발행하는 경우 부가가치세 환급을 받지 못하거나 관련 가산세가 부과될 수 있습니다

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① 포괄적 사업 양도·양수도에 해당되나 세금계산서를 발급한 경우

양도자	양수자
– 매출 부가가치세 환급	– 매입 부가가치세 추징 (or 매입세액 불공제) – 신고/납부 불성실 가산세

② 포괄적 사업 양도·양수도에 해당되지 않으나, 세금계산서를 발급하지 않은 경우

양도자	양수자
– 매출 부가가치세 추징 – 세금계산서 미발급 가산세 – 신고/납부 불성실 가산세	– 매입세액공제 불가능

이와 같은 사업 양도·양수로 인한 납세자의 불이익을 방지하기 위하여 부가가치세법에서는 2014.1.1부터 ‘사업 양수자 대리납부’ 제도를 신설하여 운영하고 있습니다

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사업 양수자의 대리납부 제도

부가가치세 대리납부 제도는 사업의 양도·양수 시 포괄 양도·양수 판단이 불분명한 경우 사업 양수인이 양도인에게 대가를 지급하는 때에 공급가액만 지급하고 부가가치세는 관할세무서에 대신 납부하는 제도로, 해당 거래가 포괄적 사업 양도·양수에 해당하는 경우에도 양수자는 매입세액공제를 받을 수 있습니다.

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부가가치세 대리납부 신고방법

부가가치세 대리납부 신고는 아래 같은 절차로 진행됩니다.

① 양수자(공급받는 자)는 부가가치세를 제외한 공급가액만 양도자에게 지급합니다.

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② 양도자(공급하는 자)는 양수자에게 부가세를 포함하여 세금계산서를 발급합니다.

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③ 양수자는 그 대가를 지급하는 날이 속하는 다음 달 25일까지 대리납부 신고서(사업 양수자용)을 작성하여 사업장 관할 세무서장에게 신고 및 납부해야 합니다. 이때 양수자의 대리납부신고는 온라인상으로는 신고가 불가능하여 세무서에 직접 방문 후 신고 및 납부하시면 됩니다.

④ 양도자는 부가가치세 확정 신고 시 ‘사업양수자가 대리납부한 세액(23)’에 양수자가 대리납부한 부가가치세액을 차감 반영하여 신고합니다.

⑤ 양수자는 신고기한 내 부가가치세 신고 후 납부한 세액을 환급받습니다.