이러한 이익소각의 경우는 차이가 발생하는 게 정상입니다. 이익소각에 의한 자기주식 소각은 상법에서의 자본 감소가 아니므로 발행주식수의 액면총액과 회계상/법인등기부등본상 자본금은 불일치하게 됩니다.

예를 들어, 주당 액면가가 1,000원이고 발행주식수가 5,000주인 회사가 있습니다. 자본금은 500만 원(1,000원 X 5,000주)이었을 것입니다. 회사가 발행주식수의 일부인 500주를 자기주식으로 매입하여, 이를 이사회결의에 따른 이익소각을 하게 되면 자기주식과 상계하는 계정이 자본금이 아니라 이익잉여금이 됩니다. 따라서 발행주식수의 액면총액 450만 원(1,000원 X 4,500주)과 자본금(기존과 같이 500만 원)은 차이가 필연적으로 발생하며, 감사보고서상 주석에 해당 내용을 기재하게 됩니다.

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일반기업회계기준 15장 자본

15.11 기업이 이미 발행한 주식을 유상으로 재취득하여 소각하는 경우에 주식의 취득원가가 액면금액보다 작다면 그 차액을 감자차익으로 하여 자본잉여금으로 회계처리한다. 취득원가가 액면금액보다 크다면 그 차액을 감자차익의 범위내에서 상계처리하고, 미상계된 잔액이 있는 경우에는 자본조정의 감자차손으로 회계처리한다. 이익잉여금(결손금) 처분(처리)으로 상각되지 않은 감자차손은 향후 발생하는 감자차익과 우선적으로 상계한다.

15.12 주식을 이익으로 소각하는 경우에는 소각하는 주식의 취득원가에 해당하는 이익잉여금을 감소시킨다


상법 제343조 【주식의 소각】
① 주식은 자본금 감소에 관한 규정에 따라서만 소각(消却)할 수 있다. 다만, 이사회의 결의에 의하여 회사가 보유하는 자기주식을 소각하는 경우에는 그러하지 아니하다.