마일스톤은 S사의 과거 법인세 신고 내역을 검토한 결과 전년도 대비 증가한 상시근로자 수에 대해서 적용하는 고용증대세액공제 및 중소기업 사회보험세액공제 금액에 계산 오류 및 일부 누락이 있었으며, 3개년도에 나눠서 행사된 스톡옵션의 행사차익에 대해서도 손금으로 반영되지 않은 것으로 확인하여 경정청구를 진행하였으며, 그 결과 약 10억원에 달하는 법인세를 환급 받는 성과를 이뤄냈습니다.

경정청구를 진행을 위하여 회사의 직전 5개년 및 그 이전 연도의 직원 명부를 검토하여 세액공제 대상 상시근로자 수 계산을 진행 하였으며, 사후관리 기간 등을 고려하여 각 연도별 적용가능한 고용증대세액공제 및 중소기업 사회보험료 세액공제 금액을 산출하였습니다. 또한 회사가 부여한 스톡옵션이 상법에 따라 부여되었는지 여부에 대한 검토 및 스톡옵션 행사 시점 회사의 주식의 세무상 시가를 확인하여 법인세법상 손금으로 인정 받을 수 있는 스톡옵션 행사차액을 계산하여 경정청구를 진행하였습니다.

과세관청은 S사의 경정청구 신청내역 중 고용증대세액공제 상시근로자 수 계산 시 외국인 근로자는 포함될 수 없다는 입장이었으나, 조세특례제한법상 세액공제 대상이 되는 상시근로자란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자이며, 소득세법에 따라 183일 이상 국내에 거주하는 경우 내국인에 해당하므로 외국인근로자도 상시근로자 수에 포함될 수 있음을 소명하였습니다. 또한 과세관청은 법인의 손금으로 경정청구한 스톡옵션의 행사차익의 경우 상법에 따라 적법하게 부여된 스톡옵션인 경우만 인정할 수 있으므로 이를 증빙할 수 있는 자료 제출을 추가로 요청하였으며, 마일스톤은 경정청구 전 사전에 검토한 스톡옵션 관련 증빙자료 (정관, 주주총회의사록, 스톡옵션계약서, 부여시점의 스톡옵션 시가 평가서 등) 들을 제출하여 해당 스톡옵션이 상법에 따라 적법하게 부여되고 행사한 것이라는 점을 입증하였습니다.

마일스톤은 회사가 적용 받을 수 있는 다양한 세제혜택 및 손금에 대한 다각적인 검토를 통해서 경정청구 대상을 발굴하였으며, 경정청구에 대한 과세관청의 요청 및 질의 사항을 정확하고 신속한 대응함으로써 경정청구를 성공적으로 마무리하였으며, 이를 통해 회사의 자금 운영에도 큰 도움을 주었습니다.