법인의 주주이면서 대표이사나 임원인 자가 국내 대학 등에서 6개월 이상의 장기교육이 필요한 최고경영자과정을 수업하는 경우, 당해 수업내용 등이 법인의 업무와 직접적으로 관련이 없거나, 정관에 회사의 업무와 관련된 학업 시 학자금 지원 규정이 없고 임원상여금지급규정에서 정한 한도를 초과하여 지급한 금액은 업무무관비용으로 보아 법인의 손금에 불산입하고 대표이사의 근로소득으로 원천징수 해야 합니다.

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다만, 당해 수업내용이 업무와 관련된 것이라는 것이 객관적으로 입증이 가능하고, 아래의 *소득세법 제11조에서 정한 비과세 학자금 요건을 갖춘 형식으로 ​​회사 내부규정에 의하여 특정 임원 등이 아닌 경우에도 모든 임직원이 차별 없이 수업할 수 있는 것으로서 당해 교육내용 등이 사규화 되어 있는 경우에는 손금인정이 가능할 것입니다.

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소득세법 시행령 제38조 【근로소득의 범위】
법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다. 2. 종업원이 받는 공로금ㆍ위로금ㆍ개업 축하금ㆍ학자금ㆍ장학금(종업원의 수학 중인 자녀가 사용자로부터 받는 학자금ㆍ장학금을 포함한다) 기타 이와 유사한 성질의 급여

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소득세법 시행령 제11조 【학자금의 범위】
법 제12조제3호에서 “대통령령으로 정하는 학자금”이란 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교(외국에 있는 이와 유사한 교육기관을 포함한다)와 「국민 평생 직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설의 입학금ㆍ수업료ㆍ수강료, 그 밖의 공납금 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 학자금(해당 과세기간에 납입할 금액을 한도로 한다)을 말한다.
1. 당해 근로자가 종사하는 사업체의 업무와 관련 있는 교육ㆍ훈련을 위하여 받는 것일 것
2. 당해 근로자가 종사하는 사업체의 규칙등에 의하여 정하여진 지급기준에 따라 받는 것일 것
3. 교육ㆍ훈련기간이 6월이상인 경우 교육ㆍ훈련 후 당해교육기간을 초과하여 근무하지 아니하는 때에는 지급받은 금액을 반납할 것을 조건으로 하여 받는 것일 것

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회사의 소속 종업원(임원 포함)에게 지원하는 학비(대학원 등록금, 수업료) 중 소득세법 시행령 제11조의 요건을 갖춘 학자금은 비과세 대상으로 판단됩니다.

질의 회사에서 최고경영자과정의 학비 지원 시 과세 여부
회신 종업원이 회사로부터 지급받는 학자금은 소득세법 시행령 제38조 제1항 제2호에 의해 근로소득에 포함되나 회사에서 소속 종업원(임원 포함)에게 지원하는 학비 중 소득세법 시행령 제11조의 요건을 갖춘 학자금은 근로소득세를 비과세함
따라서 질의의 최고경영자과정이 근로소득세가 비과세되는 소득세법 제11조의 요건을 갖추었는지는 사실판단 사항임

학자금이 비과세 대상에 해당하더라도 근로소득으로 포함하여 원천징수이행상황신고 및 근로소득 지급명세서 제출 대상에 해당되니 확인하셔서 제출해 주셔야 합니다.