특정 법인의 1% 지분을 보유한 주주는 법인세법에 따르면 해당 법인의 특수관계인에 해당하나, 이외 세법을 적용을 받는 경우 특수관계인에 해당하지 않습니다.

각 세법상 특수관계인 여부 및 요건을 검토하면 다음과 같습니다.

국세기본법 시행령 제1조의 2
④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.
1. 영리법인인 경우
가. 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우

소득세법 시행령 제98조
① 법 제41조 및 제101조에서 “특수관계인”이란 「국세기본법 시행령」 제1조의 2 제1항, 제2항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인을 말한다.

법인세법 시행령 제2조
⑤ 법 제2조 제12호에서 “경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.
2. 제50조 제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 “비소액주주등”이라 한다)와 그 친족

법인세법 시행령 제50조 제2항
② 제1항 제1호 및 제2호에서 “소액주주등”이란 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식등을 소유한 주주등(해당 법인의 국가, 지방자치단체가 아닌 지배주주등의 특수관계인인 자는 제외하며, 이하 “소액주주등”이라 한다)을 말한다.

상속세 및 증여세법 시행령 제2조의 2
① 법 제2조 제10호에서 “본인과 친족관계, 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자”란 본인과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.
6. 본인, 제1호부터 제5호까지의 자 또는 본인과 제1호부터 제5호까지의 자가 공동으로 발행주식총수 또는 출자총액(이하 “발행주식총수등”이라 한다)의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조
② 법 제2조 제1항 제3호에 따른 특수관계는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계로 한다.
1. 법 제2조 제1항 제3호 가목에 따른 관계: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계
가. 거주자ㆍ내국법인 또는 국내사업장을 두고 있는 외국법인이 다른 외국법인의 의결권 있는 주식(출자지분을 포함한다. 이하 같다)의 50퍼센트 이상을 직접 또는 간접으로 소유한 경우 그 거주자ㆍ내국법인 또는 국내사업장과 다른 외국법인의 관계
나. 외국에 거주하거나 소재하는 자가 내국법인 또는 국내사업장을 두고 있는 외국법인의 의결권 있는 주식의 50퍼센트 이상을 직접 또는 간접으로 소유한 경우 그 자와 내국법인 또는 국내사업장의 관계