스타트업을 창업하고 성공적인 엑시트를 하면 그에 따른 높은 양도소득세(비상장 대주주의 경우 양도차익의 20%~25%)에 놀라시곤 합니다. 만약 매각 금액을 다른 벤처기업 등에 재투자 하는 경우에는 이 양도소득세를 이연 할 수 있는 과세특례가 있습니다(이하 ‘재투자 과세특례’). 양도차익의 약25%에 해당하는 양도소득세 납부를 미루고 재투자 재원으로 사용 할 수 있기 때문에 개인은 물론 스타트업 생태계의 성장에도 도움이 되는 제도라고 할 수 있습니다. 유의하실 점은 재투자 과세특례의 적용 요건이 간단하지 않고, 정해진 기간 내에 재투자하지 않는 경우 오히려 가산세까지 납부해야 될 수 있기 때문에 미리 요건에 맞는지 확인 한 후 재투자 계획을 꼼꼼히 설정하고 신청하시기를 바랍니다. 

1. 적용 대상 

매각 대상 기업(벤처기업 또는 벤처기업이었던 기업이 벤처기업에 해당 하지 아니하게 된 이후 7년 이내 기업)의 창업주 또는 발기인으로서 매 각 대상 기업의 주주인 자, 즉 창업자를 대상으로합니다. 

2. 적용요건 

① 양도요건 

2023년 12월 31일 이전에 주주 본인이 보유한 주식의 100분의 30 이상을 특수관계인 외의 자에게 양도하고 양도대금 중 50% 이상 을 특정 요건을 갖추어 출자 또는 투자해야 합니다. 

② 재투자요건 

• 재투자 기한: 매각 대상 기업의 주식매각으로 발생하는 양도소득에 대한 양도소득세 예정신고 기간(매각일이 속하는 반기의 말일부터 2개월)의 종료일로부터 1년 이내에 재투자해야 합니다.
• 재투자 대상: 아래의 대상으로 한정됩니다.
  가. 벤처투자조합, 신기술사업투자조합 또는 전문투자조합 
  나. 벤처기업 투자신탁의 수익증권 
  다. 개인투자조합에 출자한 금액을 벤처기업 또는 이에 준하는 창업 후 3년 이내 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기 업(이하 벤처기업 등)에 투자 
  라. 벤처기업 등에 직접 투자 
• 매각 대상 기업의 주주 1인과 특수관계인이 벤처기업 등의 최대 주주와 특수관계에 있지 아니해야 합니다.

③ 보유기간 요건 

재투자로 취득한 주식 또는 출자지분을 3년 이상 보유해야 합니다. 

3. 과세특례의 내용 

재투자에 사용된 금액에 대해서는 재투자로 취득한 주식 또는 출 자지분을 처분(재투자 대상기업이 사업을 폐지한 경우 등을 포함)할 때 까 지 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있습니다. 

4. 신청 방법 

양도소득세 예정신고 기간 내 재투자에 따른 주식 양도차익과세이연신청서에 주식매매계약서 및 세제지원 대상 여부를 확인할 수 있는 서류(매각 대상 기업의 정관 사본, 매각 대상 기업 및 재투자 기업의 벤처기업 확인서)를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 합니다. 또한 재투자를 한 이후에는 재투자 확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 합니다. 

5. 사후경과 조치 

① 재투자 기한 및 재투자 대상을 위반하는 경우 

매각 대상 기업의 주주에 대해 양도소득세 예정신고는 적절히 진 행된 것으로 인정되어 신고불성실가산세 대상에는 해당하지 않습니다. 그러나 과세특례 요건 위반으로 인해 최초 신고기한 내에 납부 해야 할 양도소득세를 내지 아니한 것으로 간주합니다. 따라서 이 경 우 매각 대상 기업의 주주는 재투자 요건을 위반하는 사유가 발생한 직후 과세표준신고와 함께 매각 대상 기업의 주식 양도에 따른 양도 소득세와 국세기본법에 따른 납부불성실・환급불성실가산세를 납부해야 합니다.

② 재투자 주식 보유기간 요건을 위반하는 경우 

주식 과세이연 금액에 재투자로 취득한 주식 중에서 해당 사유가 발생한 날 현재 남아 있는 주식이 차지하는 비율을 곱한 금액에 기업매각을 위하여 주식을 양도한 당시의 양도소득세율을 곱하여 계 산한 금액을 해당 사유 발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고 서와 함께 납부해야 합니다.