상법에 따른 합병은 둘 이상의 회사가 전부 또는 일부를 해산하여 청산절차 없이 신설 또는 존속회사에 승계되는 것을 의미한다. 세무상으로는 1) 피합병법인이 합병법인에게 피합병법인의 자산과 부채를 양도하며, 2) 합병법인이 피합병법인에게 합병대가를 지급하고, 3) 피합병법인은 합병법인으로부터 받은 합병대가를 피합병법인 주주에게 지급하고 피합병법인 주주로부터 구주를 반환받는 일련의 절차를 통해 종전 피합병법인의 주주는 합병법인의 주주가 되고, 피합병법인의 순자산은 합병법인으로 이전되는 것으로 본다.

이에 따라 합병 당사자에게는 합병에 따른 법인세, 주식 이전에 따른 증권거래세, 부동산 취득에 따른 취득세, 주주에게는 의제배당에 대한 소득세 또는 법인세 등 다양한 세부담이 발생할 수 있으나, 일정 요건을 갖춘 적격합병의 경우 합병 당시의 세부담을 절감할 수 있다.

🔗 참고: 주주에게 적격합병이 필요한 이유

다만 합병 당시 적격합병 요건을 만족하더라도, 일정기간 동안 사업의 계속성, 지분의 연속성, 고용승계 등 사후관리 요건을 만족하여야 하는바, 이중 사업의 계속성과 관련하여 실무적으로 많이 궁금해하는 사항을 정리하면 다음과 같다.

1. 적격합병 및 사후관리 요건 중 사업의 계속성과 관련하여 승계자산의 50% 이상을 처분하는 경우 사업을 폐지하는 것으로 본다고 하는데, 이때 승계자산에는 어떤 자산이 포함되는지?

법인세법 시행령 제80조의 2 제7항에 따르면, 사업의 계속성 요건 판단을 위한 승계자산에는 유형자산, 무형자산 및 투자자산이 해당된다. 이에 따라 피합병법인으로부터 승계한 현금성자산, 재고자산 등은 사업의 계속성 요건을 판단하기 위한 승계자산 대상에 포함되지 않는다.

2. 복수의 사업을 영위하던 법인을 합병한 후 승계받은 사업 중에 일부 사업을 폐지하게 되면 사후관리 요건을 위반하게 되는지?

판례에 따르면 승계받은 사업이 여러 개인 경우, 개별 사업부문이 아닌 승계 사업 전체를 기준으로 사업의 폐지 여부를 판단하는 것으로 보고 있다(대법원2016두51535, 2017.01.25). 이에 따라 영위하던 사업 중 하나의 사업을 중단하더라도 승계하는 사업 중 일부 사업의 폐지, 혹은 일시적으로 영위하던 사업의 중단에 불과하여 사후관리 요건 위반에 해당하지 않을 가능성도 배제할 수는 없다. 

다만, 위와 비슷한 상황에서 사업의 폐지로 인정되지 않은 명확한 사례를 확인할 수 없는 점을 고려할 때, 중단한 사업이 회사의 최근 매출 비중 등을 살펴볼 때 절대적으로 비중이 큰 경우라면 과세관청은 이를 승계 받은 주된 사업의 폐지로 보아 사후관리 위반에 해당한다고 볼 가능성이 높을 것으로 판단된다. 따라서, 사후관리가 필요한 기간까지는 소규모로라도 승계한 사업을 영위하며 매출을 발생시키는 것이 예상치 못한 세부담을 방어할 수 있는 방안인 것으로 판단된다.