설립 후 한번도 세무조사를 받은 적 없는 스타트업의 세무 담당자 A씨는 관할 세무서에서 정기 세무조사를 하겠다는 통지서가 날라온 순간, 그동안 실수로 누락하거나 잘못한 세무처리 사항은 없는지 긴장되기 시작한다. 국세기본법에 따르면 세무조사 대상자는 세무 신고시 탈루나 오류의 혐의가 있을 경우에 선정될 수도 있지만, 해당 사유 외에도 무작위 추출방식에 따라 표본조사대상이 되거나 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 않았다면 신고내용의 적정성 검증을 위해 조사 대상이 될 수 있다. 보통 대상회사와 회계사, 세무사 등 세무대리인이 함께 세무조사시 대응하는 경우가 많고, 법인세나 부가세 등의 세금 신고 시 세무대리인을 통해 신고 대리를 진행하므로, 세무대리인 측에서 회사에 대한 세무상 히스토리를 잘 아는 경우가 많다. 따라서 회사 담당자 입장에서는 조사 대응의 부담이 상당히 줄어들 수 있다.

그렇다면 조사 대응 후 마무리 단계인 예상 추징 세액을 계산할 때, 기신고된 과세표준 금액이 변동되는 경우 이미 공제받은 세액공제나 감면도 변동될 수 있을까? 세무조사에서 과거 오류로 인해 내야 할 세금보다 적게 세금을 신고 · 납부한 사실이 발견될 경우, 세무서에서는 기존 신고한 과세표준에서 증가된 과세표준으로 증액하는 경정처분을 내린다.

이 때 과세되는 소득의 증가로 최저한세의 한도도 증가하고, 공제 또는 감면 받는 대상 금액도 증가하게 된다. 그렇다면 기 공제받았던 금액보다 더 많이 공제를 받을 수 있게 되었다는 것인데, 이러한 경우에도 해당 공제에 대한 경정청구가 가능할까? 이 경우 정답은 “가능하다” 이다.

경정청구는 기신고 또는 결정, 경정된 과세표준과 세액이 세법에 의해 신고하여야 할 과세표준과 세액을 초과하는 경우 이를 관할 세무서장에게 바로 잡아줄 것을 청구할 수 있는 제도이다. 여기서 회사가 당초 법인세 신고 시 제출한 세액 감면 또는 세액공제신청서에 기재된 소득금액과 세무서가 경정한 소득금액이 다른 경우, 감면 또는 세액공제의 기초가 될 소득금액은 세무서가 경정한 금액에 따르도록 되어 있다. 세무조사 결과 추징 항목의 발생으로 과세표준이 증가하고 이로 인해 세액공제 및 감면 한도가 증가한 경우에는, 경정 후의 과세표준 및 세액과 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 비교해서 경정청구 여부를 판단할 수 있다.

그렇다면 언제까지 경정청구를 할 수 있을까? 국세기본법에서는 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대해서는 해당 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 경정을 청구할 수 있도록 규정하고 있다. 이는 불복 기간이 경과한 과세처분에 대한 경정청구는 배제하고자 하는데 그 취지가 있는데, 만약 세무서의 증액 경정처분 항목에 세액공제나 감면에 대한 내용이 포함되어 있지 않다면 통상의 경정청구 기간인 법정 신고기한이 지난 후 5년 이내까지 경정청구를 할 수 있다.

이렇듯 한번 세무조사를 받고 나면 이월 세액공제액의 관리나 추징세액 회계처리 등 사후관리에 특히 신경을 써야 한다. 또한 과세되는 사항에 대해 향후 다시 추징되는 일이 없도록 회사 내부적인 방침도 마련되어야 한다. 즉 세무조사가 끝났다고 안도할 수는 없으며, 조사 후 파생되는 여러 사항들도 체크하여 이후 똑같은 실수가 없도록 해야 할 것이다.