중소기업은 법인세 공제 감면, 중소기업 회계처리 특례 적용, 저리 대출, 신용 보증, 고용장려금 지원 등 다양한 측면에서 받을 수 있는 혜택이 많다. 또한 중소기업뿐만 아니라 해당 기업에서 취업한 청년의 경우에도 소득세 감면 혜택이 있다. 회사의 규모로 어림잡아 볼 때 당연히 중소기업에 해당할 것으로 짐작되더라도 실제 요건을 따져보면 중소기업에 해당하지 아니하는 경우가 있으므로, 혜택 적용 여부 확인을 위해서는 중소기업 요건을 꼼꼼히 따져볼 필요가 있다.

세무상 혜택을 받기 위한 중소기업 요건은 다음과 같다.

1. 업종기준
   호텔업 및 여관업, 주점업, 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업 등을 주된 사업으로 영위하지 않아야 한다.
   
2. 규모기준
   업종별 매출액이 일정 규모 기준 이내에 해당하여야 하며, 자산총액이 5천억원 미만이어야 한다.
   
3. 독립성기준
   소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음의 어느 하나에도 해당하지 않아야 한다. 
   • 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제31조 제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 국내계열회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사
   • 자산총액이 5천억원 이상인 법인이 주식등의 30％ 이상을 직접소유 및 간접소유한 경우로서 최다출자자인 기업
   • 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 중소기업기본법 시행령 제7조의 4에 따라 산정한 매출액이 시행령 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 않는 기업 

상기 요건 중 업종기준과 규모기준은 누구나 판단하기 쉽지만, 독립성기준의 경우 외부에서 정보를 파악하기 어려운 경우가 있어 잘못 판단할 가능성이 꽤 높다. 또한 각종 혜택 및 지원금 별로 근거법률이 동일하지 않아 판단이 헷갈리는 부분도 존재한다. 하기 2 가지 실무사례를 통해 조금 더 구체적으로 설명해보도록 하겠다.

<Case 1. 내국법인 주주 – 유예기간 적용 여부>

전기 중 자산총액 5천억원 이상인 내국법인 A가 중소기업이었던 내국법인 B의 주식을 50% 이상 취득하면서 중소기업에 해당하지 않게 된 경우이다. 중소기업기본법에 따르면 이 경우에도 유예 적용대상으로 중소기업으로 보나, 세무상으로는 유예 제외 대상에 해당하여 중소기업 취업자 소득세 감면 적용이 불가능하다. 그러나 회사에서는 유예 기간인 것으로 인식하여 계속하여 소득세 감면 대상인 것으로 연말정산을 진행하였고, 추후 자사의 재검토를 통해 중소기업이 아닌 것을 확인한 후 수정신고를 진행하게 되었다. 

<Case 2. 외국법인 주주 – 재무정보 확인의 어려움>

당기 중 외국법인 D가 중소기업인 내국법인 C의 주식을 50% 이상 취득하면서 최대출자자에 해당하게 되었다. 다만 해당 외국법인의 재무제표 및 주주관계가 외부에 공시되지 않는 상황으로 독립성 요건 충족 여부의 확인이 쉽지 않았다. 설사 외부에 보고서가 공시되는 외국법인이라도 일반적으로 연결재무제표가 공시되지만, 중소기업 판단시에는 개별재무제표 정보가 필요하여 결국에는 직접 요청해야 하는 경우가 대다수이다. 회사를 통해 관련 자료를 요청하더라도, 외국법인 D 입장에서는 내국법인 C의 중소기업 여부 판단을 위해 자사의 재무정보를 공개하여야 한다는 것을 부담스러워하는 경우가 많다. 다행히 기말감사 및 법인세 신고 종료 이전 최소한의 자료 요청을 통해 중소기업 판단에 필요한 정보는 확인할 수 있었고, 외국법인 D의 자산총액이 5천억원 미만이고 최종주주가 개인임을 확인하여 계속적으로 중소기업에 해당하는 것으로 판단, 중소기업 회계처리 특례와 법인세 세액공제를 지속적으로 적용할 수 있었다.