창업자가 M&A를 통해 자신의 지분을 양도하는 경우, 계약 조건에 따라 추후 인수 계약이 해제되거나 인수 대금을 반환해야 하는 상황이 발생할 수 있다. 만약 이미 양도 시점이 한참 지난 후에 그런 상황이 발생했다면, 이미 낸 양도소득세를 돌려받을 수 있을까?

1. 계약 해제조건이 발생하여 지분인수 계약 자체를 무효화하는 경우

매매계약이 처음부터 무효이거나 나중에 취소되는 등으로 효력이 없는 때에는, 양도인이 받은 매매대금은 양수인에게 원상회복으로 반환되어야 할 것이어서 이를 양도인의 소득으로 보아 양도소득세의 과세대상으로 삼을 수 없는 것이 원칙이다.

다만 세무상 판례에 따르면, 조건부 주식 매매계약의 해제조건이 성취되었다고 바로 계약이 무효인 것으로 보는 것이 아니라, 해제조건이 발생하였음에도 양수인이 주식을 반환하지 않아 양도인이 양수인을 상대로 주식인도청구소송을 제기하여 확정판결이 난 경우에야 계약이 무효인 것으로 보아 최초 신고 및 납부한 양도소득세를 환급해주고 있다. 

즉, 계약이 해제조건 성취로 인해 무효가 되었다는 것이 법적 판결을 받을 정도로 객관적으로 입증이 되어야 최초에 낸 양도소득세를 돌려받을 수 있다는 것이다. 만약 이를 입증하지 못하는 경우 최초 인수와 재인수 거래 모두 양도소득세 과세대상에 해당한다. 다만 최초에 인수한 가격으로 기존 주주가 재인수하는 경우 양도차익이 발생하지 않기 때문에 재인수에 따른 양도소득세 부담은 없을 것으로 보이나, 증권거래세(거래가액의 0.35%)는 발생할 것으로 보인다.

2. 최초 양수인이 인수한 주식을 기존 주주의 이해관계자가 인수하는 경우 

원 거래 상대방인 기존 주주들에게 주식이 반환되는 것이 아니고 기존 주주의 이해관계자에게 새롭게 양도하는 거래에 해당하므로, 최초 구주 인수거래와 재인수 거래 모두 양도소득세가 발생할 것으로 보인다. 다만 최초 양수인이 인수한 가격으로 기존 주주의 이해관계자가 재인수하는 경우 양도차익이 발생하지 않기 때문에 재인수에 따른 양도소득세 부담은 없을 것으로 보이나, 증권거래세(거래가액의 0.35%)는 발생할 것으로 보인다.  

3. 인수대금을 위약벌로 반환하는 경우

M&A 계약상 기존 주주이자 임원인 창업자가 M&A 이후 일정 기간 근속하지 않고 퇴사할 경우, 주식양도대금을 위약벌로 양수인에게 지급해야 하는 조항이 있을 수 있다. 만약 의무근속기간을 지키지 못해 주식인수대금을 양수인에게 위약벌로 지급하는 경우, 거래의 취소가 아닌 유효하게 성립된 매매거래 이후 위약금을 지급하는 것에 해당하므로, 최초 신고/납부한 양도소득세의 반환은 어려울 것으로 판단된다.