과거 높은 성장세를 보이며 이익을 냈던 A 법인은 그에 따라 법인세 및 지방세도 올바르게 신고·납부하였습니다. 그러나 고점이 있으면 저점도 있는 법, 이번 코로나 여파로 매출실적이 기대치에 미치지 못한 결과 결손이 발생했고, 전기에 납부했던 세금을 소급하여 환급 신청을 하고자 합니다.

결손금 소급공제란?

여기서 결손금 소급공제란, 중소기업을 대상으로 전년도에 이익이 발생해 세금을 납부하였는데, 당해 연도에 결손이 발생할 경우 전년도에 납부한 세액을 환급 신청할 수 있는 제도입니다. 다만 당해 연도에 발생한 결손금을 전부 환급받을 수 있는 것이 아니라, 직전 사업연도에 납부한 법인세를 한도로 해서 세법상 규정된 산식에 따라 계산된 금액을 환급 신청 가능합니다.

법인세법에서 규정하고 있는 산식은 다음과 같습니다.

결손금 소급공제 = Min (①, ②)

① 직전 사업연도의 법인세 산출세액에서 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서
공제 또는 감면된 법인세액

② A – B

A. 직전 사업연도의 법인세 산출세액

B. (직전 사업연도의 과세표준 – 소급공제 결손금액) x 직전 사업연도의 세율

법인지방소득세 또한 결손금 소급공제 신청이 가능하며, 지방세법에서 규정하고 있는 산식은 다음과 같습니다.

결손금 소급공제 = Min (①, ②)

① 직전 사업연도의 법인지방소득세 산출세액
(= 직전 사업연도의 법인지방소득세 산출세액 – 공제·감면세액)

② A – B

A. 직전 사업연도의 법인지방소득세 산출세액

B. (직전 사업연도의 법인지방소득세 과세표준 – 소급공제 결손금액) x 직전 사업연도의 법인지방소득세율

여기서 주의할 점은, 직전 사업연도 법인세액이라는 한도에 걸리게 되면 소급공제되는 결손금은 발생한 결손금 전액이 아닌, 그 한도액에 상응하는 결손금만 공제되고 나머지 결손금은 차기로 이월된다는 것입니다.

이해를 돕기 위해 예시를 들어 살펴보도록 하겠습니다.

A 법인의 결손금 소급공제 신청에 필요한 정보는 다음과 같습니다.

구분	직전사업연도	당해사업연도
과세표준	6,000,000,000	– 4,500,000,000
법인세 산출세액	1,180,000,000
공제 및 감면	780,000,000
법인세액	400,000,000
지방세액	118,000,000

위의 정보를 토대로 한 A 법인의 법인세 결손금 소급공제 계산 내역은 다음과 같습니다.

법인세	한도 반영 전	한도 반영 후
Min(①,②)	400,000,000	400,000,000
①직전사업연도 법인세액(한도)	400,000,000	400,000,000
②A-B	900,000,000	400,000,000
A. 직전사업연도 산출세액	1,180,000,000	1,180,000,000
직전사업연도 과세표준	6,000,000,000	6,000,000,000
당해연도 결손금 소급공제액	-4,500,000,000	-2,000,000,000
소급공제 후 과세표준	1,500,000,000	4,000,000,000
세율	20%	20%
B. 법인세 산출세액	280,000,000	780,000,000

A 법인의 법인세 결손금 소급공제액은 위와 같이 한도에 걸려 한도액만큼만 환급됩니다. 따라서 한도에 걸려 공제받지 못한 나머지 결손금에 대해서는 이월이 되어 차기 이후 과세연도에 이월결손금 공제를 적용합니다.

즉, 당해 연도 결손금인 45억 원이 전액 소급공제액에 해당되는 것이 아니라, 위와 같이 법인세법상 산식에 따른 금액 ②A-B를 한도 4억 원이 되도록 역산하면 산출되는 금액인 20억 원만 소급공제 신청금액이 되는 것입니다. 그리고 나머지 결손금인 25억 원(=45억 원-20억 원)은 차기로 이월됩니다.

법인지방소득세의 경우 공제나 감면세액이 없으므로, 공제·감면이 반영되지 않은 산출세액의 10%가 지방세 납부액이 되고, 해당 금액은 곧 지방세 결손금 소급공제의 한도가 됩니다.

여기서 ②A-B 금액이 한도에 미달하게 되어 ②A-B 금액만큼 환급될 경우, 위 법인세 소급공제 금액을 계산할 때와 같이 당해 연도 결손금 45억 원 중 20억 원만 소급공제로 적용됩니다. 이를 반영하여 계산하면 45억 원을 전액 적용한 경우보다 환급금액이 줄어듭니다. 변경되는 지방세 결손금 소급공제 금액 내역은 다음과 같습니다.

법인지방소득세	한도 반영 전	한도 반영 후
Min(①,②)	90,000,000	40,000,000
①직전사업연도 법인세액(한도)	118,000,000	118,000,000
②A-B	90,000,000	40,000,000
A. 직전사업연도 산출세액	118,000,000	118,000,000
직전사업연도 과세표준	6,000,000,000	6,000,000,000
당해연도 결손금 소급공제액	-4,500,000,000	-2,000,000,000
소급공제 후 과세표준	1,500,000,000	4,000,000,000
세율	2%	2%
B. 법인세 산출세액	28,000,000	78,000,000

결과적으로 A 법인은 지방세로 4천만 원을 환급받게 되는데, 이는 법인세 환급액의 10%에 해당되는 금액입니다. A 법인 입장에서는 직전 연도에 세액공제·감면을 반영하기 전 금액인 산출세액의 10%를 지방세로 납부했는데, 당해 연도에 세액공제·감면이 다 차감되고 난 후의 세금을 기준으로 환급을 받게 된다는 점에서 억울한(?) 면이 없지 않죠.

결손금이 한도만큼 소급공제되고 한도를 초과하는 금액은 차기로 이월되어 향후에 공제 가능하다는 점은 일반적인 세법의 논리에 부합하므로, 이러한 논리를 알면 위와 같은 사례가 이해됩니다.

다만 결손금 소급공제에서 한도 초과되는 결손금은 이월된다는 내용이 규정되어 있지는 않기 때문에, 해당 법조문은 다소 불친절하다는 느낌은 듭니다. 법에서 규정된 산식을 문구 그대로 적용하다 보면, 당해 연도에 발생한 결손금 전액을 반영하게 되고, 예상했던 환급세액보다 받게 되는 금액은 줄어드는 불상사가 발생할 여지가 있습니다.

중소기업에서 소급공제 대상 요건을 만족하는 경우에는 위와 같이 한도 및 발생한 결손금 등을 면밀히 따져보아야 할 것입니다.