상법에 따른 합병은 둘 이상의 회사가 전부 또는 일부를 해산하여 청산절차 없이 신설 또는 존속회사에 승계되는 것을 의미한다. 세무상으로는 1) 피합병법인이 합병법인에게 피합병법인의 자산과 부채를 양도하며, 2) 합병법인이 피합병법인에게 합병대가를 지급하고, 3) 피합병법인은 합병법인으로부터 받은 합병대가를 피합병법인 주주에게 지급하고 피합병법인 주주로부터 구주를 반환받는 일련의 절차를 통해 종전 피합병법인의 주주는 합병법인의 주주가 되고, 피합병법인의 순자산은 합병법인으로 이전되는 것으로 본다.

이에 따라 합병 당사자에게는 합병에 따른 법인세, 주식 이전에 따른 증권거래세, 부동산 취득에 따른 취득세, 주주에게는 의제배당에 대한 소득세 또는 법인세 등 다양한 세부담이 발생할 수 있으나, 일정 요건을 갖춘 적격합병의 경우 합병 당시의 세부담을 절감할 수 있다.

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다만 합병 당시 적격합병 요건을 만족하더라도, 일정기간 동안 사업의 계속성, 지분의 연속성, 고용승계 등 사후관리 요건을 만족하여야 하는바, 이중 고용승계 요건과 관련하여 실무적으로 많이 궁금해하는 사항을 정리하면 다음과 같다.

1. 적격합병 요건 중 인원 수 유지의 경우 존속회사(합병회사) 기준인지 아니면 양사 모두에게 적용되는 기준인지 여부

고용승계 요건은 최초 적격합병 판단 시에는 피합병법인의 근로자 수 기준이 적용되며, 사후관리 위배 여부 판단 시에는 양사 근로자 수를 합친 기준이 적용된다. 구체적으로는 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 80% 이상이어야 하고(적격합병 판단), 이후 2개 사업연도말 현재 합병법인에 종사하는 근로자 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 80% 이상이어야 한다(사후관리 위배 판단).

2. 피합병법인의 임원이 합병 후 합병법인의 직원이 되는 경우 승계인원에 포함되는지 여부

먼저 적격합병 요건 중 고용승계 요건의 경우 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 일정 요건의 근로자(사람)를 기준으로 해당 근로자를 합병등기일에 80% 이상을 승계하였는지 여부와 해당 사업연도 종료일까지 해당 근로자를 80% 이상 유지하였는지 여부를 판단하는 것으로, 개별 근로자를 기준으로 적용되는 요건이다. 

반면, 사후관리 요건 중 고용승계 요건의 경우 개별 근로자 기준이 아닌 피합병법인과 합병법인의 근로자 수(인원)를 기준으로 요건 충족 여부를 판단하고 있어 적격합병 요건과 사후관리 요건의 적용 기준에 차이가 있다.

이에 따라 피합병법인의 임원은 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 일정 요건의 근로자에 해당하지 아니하므로 적격합병 고용승계 요건에 따른 승계비율 산정시에는 포함되지 않을 것으로 보이나, 사후관리 고용승계 요건 판단시에는 임원이 아닌 일반 근로자에 해당하므로 승계비율 산정시 포함되는 인원에 해당할 것으로 판단된다.